PDB-5oqd: PHD2 and winged-helix domain of Polycomblike

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oqd

タイトル

PHD2 and winged-helix domain of Polycomblike

要素

Polycomb protein Pcl

キーワード

GENE REGULATION / Polycomblike / winged-helix domain / PHD finger domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ventral cord development / histone H3K36me3 reader activity / polytene chromosome / Set1C/COMPASS complex / histone H3K4me3 reader activity / anterior/posterior axis specification / chromatin organization / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / microtubule binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.447 Å

データ登録者

Choi, J. / Benda, C. / Mueller, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: DNA binding by PHF1 prolongs PRC2 residence time on chromatin and thereby promotes H3K27 methylation.
著者: Choi, J. / Bachmann, A.L. / Tauscher, K. / Benda, C. / Fierz, B. / Muller, J.

履歴

登録	2017年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oqd.cif.gz	241.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oqd.ent.gz	189.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/5oqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/5oqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6od3-1 4jik-d 6mjo-d 1zp9-2 1x0s-d 1bm1-d 4n3w-d 3zlc-2 4wuh-d 2hjd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Polycomb protein Pcl

A: Polycomb protein Pcl

C: Polycomb protein Pcl

D: Polycomb protein Pcl

E: Polycomb protein Pcl

F: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

154 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Polycomb protein Pcl

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	307.423, 53.119, 86.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-824- HOH

#1: タンパク質	Polycomb protein Pcl / Polycomblike protein 分子量: 25439.695 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 491-694 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Pcl, CG5109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24459
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5 % PEG 3350, 50 mM Potassium Phosphate (dibasic) and 2 mM Manganese Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00005 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.447→83.694 Å / Num. obs: 49847 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 3.4 % / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 17.09
反射シェル	R_pim(I) all: 0.371

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.447→83.694 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	4664	5 %
R_work	0.2365	-	-
obs	0.2385	93323	95.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.447→83.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8786	0	42	230	9058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	9139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.406	12413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.404	3180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.447-2.4748	0.4153	149	0.3489	2860	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4748-2.504	0.3207	160	0.3568	2978	X-RAY DIFFRACTION	97
2.504-2.5345	0.3861	164	0.3356	3047	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5345-2.5666	0.3269	156	0.3285	2977	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5666-2.6004	0.3764	158	0.3132	3016	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6004-2.636	0.3739	159	0.3133	3045	X-RAY DIFFRACTION	97
2.636-2.6737	0.3619	153	0.3075	2980	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6737-2.7136	0.3728	153	0.3044	2910	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7136-2.756	0.3525	153	0.2869	2991	X-RAY DIFFRACTION	97
2.756-2.8012	0.3371	153	0.3049	2981	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8012-2.8495	0.3704	154	0.3128	2910	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8495-2.9013	0.4104	159	0.2849	3047	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9013-2.9571	0.3623	160	0.2857	2974	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9571-3.0174	0.2815	153	0.2687	2970	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0174-3.0831	0.3186	154	0.2622	3016	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0831-3.1548	0.345	157	0.2546	2922	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1548-3.2337	0.2724	155	0.2526	2998	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2337-3.3211	0.3596	161	0.2625	2977	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3211-3.4188	0.2973	156	0.2512	2925	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4188-3.5292	0.2724	155	0.2603	2986	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5292-3.6553	0.2488	153	0.244	2850	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6553-3.8017	0.2735	163	0.2276	3001	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8017-3.9747	0.2588	153	0.2251	2845	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9747-4.1842	0.2705	157	0.1972	2900	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1842-4.4464	0.2963	155	0.2076	3006	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4464-4.7897	0.2462	158	0.2005	2927	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7897-5.2716	0.213	147	0.2042	2850	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2716-6.0342	0.2384	156	0.23	2947	X-RAY DIFFRACTION	95
6.0342-7.6017	0.2943	154	0.2403	2971	X-RAY DIFFRACTION	96
7.6017-83.7434	0.2038	146	0.1886	2852	X-RAY DIFFRACTION	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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