[日本語] English
万見
- PDB-5oon: Structure of Undecaprenyl-Pyrophosphate Phosphatase, BacA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oon
タイトルStructure of Undecaprenyl-Pyrophosphate Phosphatase, BacA
要素Undecaprenyl-diphosphatase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Antibiotic / bacterial cell wall / enzyme mechanism / Escherichia coli / in meso in situ serial crystallography / IMISX / interdigitated inverted topology repeat / lipid cubic phase / peptidoglycan / phosphatase / pyrophosphorylase / undecaprenyl-pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl-diphosphatase UppP / Bacitracin resistance protein BacA
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Undecaprenyl-diphosphatase / Undecaprenyl-diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Warshamanage, R. / Wang, M. / Howe, N. / Ghachi, M.E.I. / Weichert, D. / Kerff, F. / Stansfeld, P. / Touze, T. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, ドイツ, フランス, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/IA/1255 アイルランド
German Research Foundation ドイツ
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I019855/1 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of undecaprenyl-pyrophosphate phosphatase and its role in peptidoglycan biosynthesis.
著者: El Ghachi, M. / Howe, N. / Huang, C.Y. / Olieric, V. / Warshamanage, R. / Touze, T. / Weichert, D. / Stansfeld, P.J. / Wang, M. / Kerff, F. / Caffrey, M.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl-diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1246
ポリマ－30,8881
非ポリマー1,2365
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.260, 145.000, 40.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質 Undecaprenyl-diphosphatase / Bacitracin resistance protein / Undecaprenyl pyrophosphate phosphatase


分子量: 30887.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bacA, uppP / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌)
参照: UniProt: C3SU37, UniProt: P60933*PLUS, undecaprenyl-diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 40 % PEG-400, 0.3-0.5 M ammonium citrate dibasic and 0.1 M sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.84 Å / Num. obs: 19853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.91 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.4 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 12.33 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / CC1/2: 0.25 / Rrim(I) all: 2.03 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc2_2821: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→44.455 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 990 4.99 %
Rwork0.2058 --
obs0.2077 19853 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 57 6 2119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8652929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6261251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5999-2.73690.33971430.27492716X-RAY DIFFRACTION100
2.7369-2.90840.31631400.25762698X-RAY DIFFRACTION100
2.9084-3.13290.2731420.22862685X-RAY DIFFRACTION100
3.1329-3.44810.26351400.21542689X-RAY DIFFRACTION100
3.4481-3.94670.22591430.1962682X-RAY DIFFRACTION100
3.9467-4.97140.24591400.18232696X-RAY DIFFRACTION100
4.9714-44.46110.19441420.18882697X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る