PDB-5oo4: Streptomyces PAC13 with uridine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oo4

タイトル

Streptomyces PAC13 with uridine

要素

Putative cupin_2 domain-containing isomerase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Pac13 / Dehydratase / Pacidamycin

機能・相同性

RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / URIDINE / Putative cupin_2 domain-containing isomerase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chung, C. / Michailidou, F.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins.
著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M.

履歴

登録	2017年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oo4.cif.gz	46.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oo4.ent.gz	31.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5njnC 5njoC 5oo5C 5oo8C 5oo9C 5ooaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oo5-d 2vil-d 5o4y-1 5ooa-d 6qhg-2 5lsl-2 1vfq-d 1sz9-3 5oo9-d 6qhg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative cupin_2 domain-containing isomerase

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.822, 66.822, 55.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-345- HOH
2	1	A-520- HOH

#1: タンパク質	Putative cupin_2 domain-containing isomerase / Putative uncharacterized protein pac13 分子量: 14111.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) 遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2EKP5
#2: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15% PEG3350,0.2M NaAc,0.09MBis-Tris pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→28.93 Å / Num. obs: 17785 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.848 Å² / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 2281 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.417 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18458	838	4.7 %	RANDOM
R_work	0.15724	-	-	-
obs	0.15849	16828	92.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	17	223	1217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.926	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	3	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.381	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.052	23.036	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.958	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.68	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.927	1.448	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.925	1.448	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.61	3.251	676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.609	3.252	677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.58	1.748	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.579	1.748	578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.6	3.771	844
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.077	8.46	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.075	8.462	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	30	-
R_work	0.204	746	-
obs	-	-	55.71 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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