PDB-5oo2: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oo2

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) E419A variant in complex with glucosylglycolate

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oo2.cif.gz	388.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oo2.ent.gz	319.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oo2_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oo2_full_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示
XML形式データ	5oo2_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	5oo2_validation.cif.gz	54.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi0C 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5ontC 5onzC 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ohc-1 5ojv-1 5oju-1 5oiw-1 5oj4-1 5onz-1 6g3n-1 5oi1-1 6n0b-d 5oie-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/483 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.953, 157.676, 87.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-818- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 50899.461 Da / 分子数: 2 / 変異: E419A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 糖	ChemComp-9YW / (alpha-D-glucopyranosyloxy)acetic acid / Glucosylglycolate / (alpha-D-glucosyloxy)acetic acid / (D-glucosyloxy)acetic acid / (glucosyloxy)acetic acid / (α-D-グルコピラノシルオキシ)酢酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O₈
#4: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→45.06 Å / Num. obs: 75133 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.575 / R_pim(I) all: 0.579 / R_rim(I) all: 1.526 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 2.06→41.912 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	3625	4.83 %
R_work	0.1622	-	-
obs	0.1642	75046	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→41.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7158	0	105	426	7689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	10458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.078	4507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1370

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.0871	0.318	146	0.2793	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0871-2.1157	0.2952	140	0.2631	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1157-2.1459	0.2992	95	0.2561	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1459-2.178	0.3054	134	0.2559	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.212	0.287	124	0.2386	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.2482	0.2997	128	0.2304	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2482-2.287	0.2909	147	0.2259	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.287-2.3286	0.3032	125	0.2113	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3286-2.3734	0.2599	173	0.2065	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3734-2.4218	0.2488	150	0.1933	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4218-2.4745	0.2511	131	0.1918	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4745-2.532	0.239	119	0.1826	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.532-2.5953	0.2393	127	0.1831	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5953-2.6655	0.2319	119	0.1735	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6655-2.7439	0.2008	152	0.1716	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7439-2.8325	0.23	135	0.1617	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8325-2.9337	0.1743	138	0.1518	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9337-3.0511	0.2171	129	0.1595	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0511-3.1899	0.1994	148	0.1517	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1899-3.358	0.1854	156	0.1588	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.358-3.5683	0.1934	141	0.1475	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5683-3.8437	0.1771	174	0.134	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8437-4.2301	0.1609	123	0.1279	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2301-4.8415	0.1626	131	0.1236	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8415-6.0967	0.1996	174	0.1574	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0967-41.9211	0.1733	166	0.1629	2950	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.958	-0.3421	0.0079	5.4214	3.0532	4.6211	-0.0071	-0.2811	0.0399	0.7372	0.0141	-0.1363	0.1013	0.1573	0.002	0.3519	-0.0416	-0.0091	0.2611	0.0298	0.2576	-43.4405	15.4973	-30.7218
2	2.1699	0.7686	0.4043	2.4608	0.2063	1.9238	-0.0216	-0.1898	0.1473	0.3415	-0.0349	-0.2404	-0.3293	0.1222	0.0631	0.4025	-0.0067	-0.0102	0.2387	-0.0328	0.3013	-43.8513	30.5217	-36.2683
3	1.8601	-0.1337	0.7137	2.5536	-0.2664	2.2811	-0.0128	0.1217	0.1096	-0.0677	-0.0434	-0.3771	-0.1681	0.3066	0.0586	0.2463	-0.0504	0.044	0.2546	-0.0134	0.3144	-34.7566	21.4633	-50.9892
4	1.368	-1.8787	1.6657	7.1081	-3.121	6.0982	0.2872	0.308	-0.1873	-0.7702	-0.1262	0.3364	0.3456	-0.1624	-0.1415	0.3181	0.0766	-0.0123	0.2981	-0.0551	0.2999	-49.7777	6.4371	-80.217
5	5.3967	-0.5789	3.3727	1.06	-0.0947	7.1883	0.3365	1.049	-0.1386	-0.4868	-0.2501	0.1068	-0.1725	-0.053	-0.1028	0.5067	0.1678	0.0117	0.4693	-0.0293	0.3096	-53.7387	19.257	-89.449
6	7.7913	-0.979	-0.6067	1.9791	-0.0735	1.6103	0.1879	0.5825	0.2929	-0.4643	-0.1784	0.08	-0.4153	-0.1756	-0.0075	0.5332	0.1384	-0.0119	0.3827	0.0225	0.2256	-58.2541	25.9477	-82.327
7	0.1017	0.0936	-0.1429	0.2383	-0.2004	0.2315	-0.5303	-1.3175	0.5461	0.0986	0.095	-0.4759	0.3143	-1.2288	0.3062	1.0186	0.0854	-0.2743	1.4394	-0.17	1.0701	-73.7817	6.5028	-91.2702
8	3.1064	2.3265	-0.6981	4.1041	3.8966	8.9575	0.2045	1.2492	-0.1873	-0.171	-0.2465	0.1873	0.0012	-0.793	-0.0036	0.698	0.3405	-0.248	0.9165	-0.0809	0.6243	-71.8007	23.3279	-93.9481
9	4.0215	0.6734	-1.1041	1.5194	-0.2166	1.9531	0.2044	0.2234	0.3114	-0.147	-0.1679	0.2066	-0.4556	-0.2124	-0.0419	0.479	0.1437	-0.0235	0.2906	0.0089	0.3171	-61.3273	30.8931	-73.3035
10	3.1641	-0.5522	-0.1876	3.4292	0.9598	2.3864	0.0358	0.0822	-0.3508	-0.0227	-0.102	0.3391	0.0424	-0.2357	0.0701	0.2512	0.0222	-0.0168	0.2631	0.0054	0.3037	-63.386	11.5134	-66.6291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 321 through 446 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 70 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 135 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 194 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 219 through 249 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 250 through 320 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)