[日本語] English
万見
- PDB-5onb: Drosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5onb
タイトルDrosophila Bag-of-marbles CBM peptide bound to human CAF40
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 9
  • Protein bag-of-marbles
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLATION / CCR4-NOT / TRANSLATIONAL REPRESSION / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


male germline stem cell symmetric division / cystoblast division / spectrosome / fusome organization / germarium-derived female germ-line cyst formation / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / fusome / germ-line stem cell division / positive regulation of protein deubiquitination / cell competition in a multicellular organism ...male germline stem cell symmetric division / cystoblast division / spectrosome / fusome organization / germarium-derived female germ-line cyst formation / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / fusome / germ-line stem cell division / positive regulation of protein deubiquitination / cell competition in a multicellular organism / CCR4-NOT core complex / female germ-line stem cell asymmetric division / spermatogonial cell division / CCR4-NOT complex / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell differentiation / sex differentiation / gamete generation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / positive regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / oogenesis / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / nuclear receptor coactivator activity / ubiquitin binding / mRNA 3'-UTR binding / P-body / kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / spermatogenesis / negative regulation of translation / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein bag of marbles / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Raisch, T. / Sgromo, A. / Backhaus, C. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: DrosophilaBag-of-marbles directly interacts with the CAF40 subunit of the CCR4-NOT complex to elicit repression of mRNA targets.
著者: Sgromo, A. / Raisch, T. / Backhaus, C. / Keskeny, C. / Alva, V. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
B: Protein bag-of-marbles
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
D: Protein bag-of-marbles
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
F: Protein bag-of-marbles
G: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
H: Protein bag-of-marbles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8779
ポリマ－135,7858
非ポリマー921
水00
1
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
B: Protein bag-of-marbles


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9462
ポリマ－33,9462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
D: Protein bag-of-marbles


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9462
ポリマ－33,9462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
3
E: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
F: Protein bag-of-marbles


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9462
ポリマ－33,9462
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
4
G: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
H: Protein bag-of-marbles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0383
ポリマ－33,9462
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.570, 200.930, 59.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation protein RQCD1 homolog / Rcd-1


分子量: 31072.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first six residues (GPHMLE) remain from the protease cleavage site and the linker.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT9, RCD1, RQCD1 / プラスミド: PETMCN (PNEA) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q92600
#2: タンパク質・ペプチド
Protein bag-of-marbles


分子量: 2874.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P22745
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0) 200 mM CaCl2 15% PEG 6,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0396 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月27日 / 詳細: focussing mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0396 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 26082 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 90.68 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1852 / Rsym value: 1.008 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FV2

2fv2


解像度: 3→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9351 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.471
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 1263 4.84 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2182 26082 99.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.9572 Å20 Å20 Å2
2--13.3529 Å20 Å2
3---2.6043 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.448 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9352 0 6 0 9358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019533HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0812932HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3405SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1337HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9533HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1282SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11506SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3407 136 4.73 %
Rwork0.2601 2739 -
all0.264 2875 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.171-0.56440.22195.25950.03793.11070.01220.29250.2651-0.80.19890.3983-0.33220.1642-0.2111-0.0118-0.0814-0.1641-0.19120.0038-0.1635-19.14715.3837-41.1186
22.32255.0796-3.14522.86490.981111.37920.02250.36980.0836-0.13740.11530.0337-0.02250.3228-0.13780.3076-0.0985-0.17950.0185-0.1647-0.3592-14.82736.1632-51.2463
35.73091.87692.12698.9342-0.60783.8270.3987-0.6223-0.631-0.11650.14240.09060.499-0.4087-0.5412-0.1196-0.0712-0.1143-0.08230.0884-0.4762-22.406-8.0871-14.1046
42.3596-1.84433.33882.64190.315413.2162-0.03420.02340.0997-0.0512-0.0957-0.1818-0.196-0.21580.12990.6079-0.0045-0.1414-0.0101-0.0939-0.5973-15.895-2.1373-2.3941
56.06944.6406-0.87697.1018-2.05013.0067-0.46460.66570.1689-0.25050.59650.23920.2143-0.8507-0.1319-0.3198-0.012-0.0368-0.0635-0.1066-0.2828-39.491544.1987-18.6714
66.6501-4.3812-1.93430.5483-4.97533.44160.025-0.08050.2093-0.12680.12010.18620.112-0.2306-0.1451-0.30350.20740.14860.07120.09220.1677-48.766353.9313-14.6501
72.91942.4866-0.33816.9738-0.17394.5850.18270.0424-0.33110.07060.1679-0.6654-0.13460.1281-0.3506-0.29490.0478-0.0758-0.16640.0445-0.1225-8.063162.5039-16.9065
86.7531-0.36772.48151.01171.11590.84850.1419-0.1616-0.164-0.0323-0.0867-0.2630.0887-0.0398-0.0552-0.11640.1063-0.2685-0.13320.07620.28890.90453.3584-9.4159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る