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- PDB-5omv: Ternary complex of 9N DNA polymerase in the replicative state wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5omv
タイトルTernary complex of 9N DNA polymerase in the replicative state with two metal ions in the active site
要素
  • DNA polymerase
  • DNA primer
  • DNA template
キーワードTRANSFERASE / ternary complex / DNA polymerase / triphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Betz, K. / Marx, A. / Diederichs, K.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of ternary complexes of archaeal B-family DNA polymerases.
著者: Kropp, H.M. / Betz, K. / Wirth, J. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2017年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA template
P: DNA primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,36110
ポリマ－98,3743
非ポリマー9877
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.688, 94.964, 158.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 89826.570 Da / 分子数: 1 / 変異: D141A, E143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌) / 遺伝子: pol, polA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56366, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA template


分子量: 4930.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA primer


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 186分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 6% isopropanol, 36% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999973488495 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999973488495 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.482 Å / Num. obs: 130652 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.88
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 21057 / Rrim(I) all: 3.603 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc0_2787: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8X

4k8x


解像度: 2.003→47.482 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 30.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 6604 5.06 %
Rwork0.1894 --
obs0.1916 130623 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→47.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6208 548 53 179 6988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9249602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4334162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0028-2.02560.49452380.45294113X-RAY DIFFRACTION99
2.0256-2.04940.42692330.43164069X-RAY DIFFRACTION100
2.0494-2.07440.41132150.41144211X-RAY DIFFRACTION100
2.0744-2.10070.41811890.38694117X-RAY DIFFRACTION100
2.1007-2.12830.3762080.37164149X-RAY DIFFRACTION100
2.1283-2.15750.4081990.36914170X-RAY DIFFRACTION100
2.1575-2.18830.3872100.34974144X-RAY DIFFRACTION100
2.1883-2.2210.40731880.33434136X-RAY DIFFRACTION100
2.221-2.25570.32412270.32684136X-RAY DIFFRACTION99
2.2557-2.29270.36422260.31764123X-RAY DIFFRACTION99
2.2927-2.33220.34992210.30014126X-RAY DIFFRACTION99
2.3322-2.37460.3022010.2864189X-RAY DIFFRACTION100
2.3746-2.42030.30381960.27074112X-RAY DIFFRACTION100
2.4203-2.46970.31842230.26174127X-RAY DIFFRACTION100
2.4697-2.52340.30452060.24564171X-RAY DIFFRACTION100
2.5234-2.58210.30442540.23114082X-RAY DIFFRACTION100
2.5821-2.64660.30962310.22814140X-RAY DIFFRACTION100
2.6466-2.71820.25152440.22784084X-RAY DIFFRACTION100
2.7182-2.79820.27122540.21924107X-RAY DIFFRACTION100
2.7982-2.88850.29672140.21924200X-RAY DIFFRACTION100
2.8885-2.99170.2682400.19424093X-RAY DIFFRACTION100
2.9917-3.11140.24732080.19894117X-RAY DIFFRACTION100
3.1114-3.2530.25222250.17854152X-RAY DIFFRACTION100
3.253-3.42450.18762030.16884154X-RAY DIFFRACTION100
3.4245-3.6390.21922440.16984151X-RAY DIFFRACTION100
3.639-3.91980.21372240.15344127X-RAY DIFFRACTION100
3.9198-4.3140.13772290.12424128X-RAY DIFFRACTION100
4.314-4.93770.14352250.11384106X-RAY DIFFRACTION100
4.9377-6.21880.20752110.13654140X-RAY DIFFRACTION100
6.2188-47.49530.17652180.13494145X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49450.81340.89591.45850.64981.7854-0.02730.07-0.1314-0.02150.0169-0.28290.1040.2189-0.01860.27340.03550.03640.38340.05810.3359109.829996.90933.4624
22.75051.45850.09242.04660.31471.1108-0.0075-0.23080.33660.0674-0.13270.0115-0.20550.12990.14390.37450.0057-0.07940.48760.06730.3986109.7231108.231117.5322
31.3253-0.1897-0.7870.67430.42122.8903-0.1076-0.0294-0.20520.1287-0.03220.05220.2803-0.18190.15070.378-0.05670.00120.34740.07370.34678.821994.46623.9556
42.81640.367-0.05242.9036-0.84313.8168-0.0272-0.28630.41570.1890.089-0.3344-0.44450.2259-0.0640.31880.0087-0.04720.4088-0.06830.454187.4639126.978429.4918
50.4991-0.35140.81672.4995-1.24311.69360.07060.18350.1249-0.1727-0.0728-0.3896-0.2358-0.1962-0.12210.38640.00420.02540.43550.07360.407779.7406118.392214.7602
62.0449-2.45240.66193.0083-1.21481.62080.13720.37640.0802-0.13-0.21610.0809-0.297-0.02320.09270.4510.0179-0.03690.46510.02980.374277.4113121.011817.081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 214 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 215 through 363 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 588 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 589 through 758 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 2 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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