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万見
- PDB-5omf: Closed, ternary structure of KOD DNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5omf
タイトルClosed, ternary structure of KOD DNA polymerase
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA polymerase,DNA polymerase,DNA polymerase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication DNA polymerase archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG ...DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Kropp, H.M. / Betz, K. / Wirth, J. / Diederichs, K. / Marx, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of ternary complexes of archaeal B-family DNA polymerases.
著者: Kropp, H.M. / Betz, K. / Wirth, J. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase,DNA polymerase,DNA polymerase
T: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,00914
ポリマ－99,8593
非ポリマー1,15011
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.909, 147.559, 71.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-901-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase,DNA polymerase,DNA polymerase


分子量: 90060.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
遺伝子: pol, TK0001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P77933, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4930.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4868.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 280分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M DL-glutamatic acid, 0.2 M DL-alanine, 0.2 M glycine, 0.2 M DL-lysine monohydrochloride, 0.2 M DL-serine, 0.1 M Hepes/ 0.1 M Mops, 20 % glycerol, 10 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999766 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→49.19 Å / Num. obs: 127923 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.56 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 6.37
反射 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 3.41 % / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique all: 20049 / CC1/2: 0.285 / Rrim(I) all: 1.72 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2815: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8Z

4k8z


解像度: 2.092→46.266 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 26.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 6406 5.01 %
Rwork0.1953 --
obs0.1973 127892 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.092→46.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6209 527 67 269 7072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5279556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9654158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0922-2.1160.35651760.35393316X-RAY DIFFRACTION81
2.116-2.14090.36042240.34254043X-RAY DIFFRACTION100
2.1409-2.1670.37842230.33544091X-RAY DIFFRACTION100
2.167-2.19450.36771930.3324056X-RAY DIFFRACTION99
2.1945-2.22330.35732140.32494112X-RAY DIFFRACTION99
2.2233-2.25380.34411970.31924062X-RAY DIFFRACTION99
2.2538-2.2860.37292290.31684028X-RAY DIFFRACTION99
2.286-2.32010.33092320.29164020X-RAY DIFFRACTION100
2.3201-2.35640.3361990.28164133X-RAY DIFFRACTION100
2.3564-2.3950.33422100.27674113X-RAY DIFFRACTION100
2.395-2.43630.29812320.2664081X-RAY DIFFRACTION100
2.4363-2.48060.30922070.26424085X-RAY DIFFRACTION100
2.4806-2.52830.3112020.2554103X-RAY DIFFRACTION100
2.5283-2.57990.27072290.24924097X-RAY DIFFRACTION100
2.5799-2.6360.26442290.24024119X-RAY DIFFRACTION100
2.636-2.69730.271790.23184072X-RAY DIFFRACTION100
2.6973-2.76470.23892250.22484094X-RAY DIFFRACTION100
2.7647-2.83950.28942150.22114092X-RAY DIFFRACTION100
2.8395-2.9230.24422250.21574062X-RAY DIFFRACTION100
2.923-3.01740.26722390.20794079X-RAY DIFFRACTION100
3.0174-3.12520.2672000.20034065X-RAY DIFFRACTION100
3.1252-3.25030.25112180.18543996X-RAY DIFFRACTION97
3.2503-3.39820.2592270.17194027X-RAY DIFFRACTION99
3.3982-3.57720.20822120.16434119X-RAY DIFFRACTION100
3.5772-3.80130.19621740.15254130X-RAY DIFFRACTION100
3.8013-4.09460.17862520.13954017X-RAY DIFFRACTION99
4.0946-4.50640.17112120.12744093X-RAY DIFFRACTION100
4.5064-5.15770.16492390.13124089X-RAY DIFFRACTION100
5.1577-6.49530.18321980.17133984X-RAY DIFFRACTION97
6.4953-46.27740.18211950.17344108X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9147-0.1609-1.11470.49340.33182.10520.0475-0.0550.1658-0.01180.0355-0.0187-0.01060.1128-0.10580.2601-0.0162-0.0390.35220.02140.3283-16.546240.1226-7.0079
24.6329-0.12810.36372.14950.70312.34420.12380.1301-0.5047-0.0653-0.00480.02420.28770.0024-0.09160.28380.0035-0.00010.37520.05310.2964-9.0428.3424-23.6353
31.40320.33310.41280.59370.03650.4912-0.02450.1474-0.0271-0.06530.0340.06240.0395-0.0456-0.00210.21880.0163-0.02030.3029-0.00010.2454-39.839624.9613-16.1486
43.1685-1.41020.81391.8514-0.60831.47910.30530.6337-0.3253-0.4405-0.2591-0.23160.4390.3863-0.04060.45650.08370.0220.4585-0.05950.4547-28.36013.6489-30.2191
52.0739-2.39430.25078.98880.44251.20920.2391-0.029-0.5465-0.2764-0.1716-0.40260.27470.2462-0.03030.30860.03150.01330.31630.04710.5186-30.66980.4494-14.1069
63.4228-2.74461.69384.1695-1.1223.66040.0143-0.2851-0.54680.32180.12930.17870.51220.0785-0.10420.36580.0322-0.00740.33910.03080.4627-30.7319-0.8361-15.5315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 214 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 215 through 304 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 552 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 553 through 756 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 4 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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