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- PDB-5olw: 5-fluorotryptophan labeled beta-phosphoglucomutase in an open con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5olw
タイトル5-fluorotryptophan labeled beta-phosphoglucomutase in an open conformation
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / phosphoryl transfer / NMR labeling / 19F-NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Bowler, M.W. / von Velsen, J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Observing enzyme ternary transition state analogue complexes by19F NMR spectroscopy.
著者: Ampaw, A. / Carroll, M. / von Velsen, J. / Bhattasali, D. / Cohen, A. / Bowler, M.W. / Jakeman, D.L.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4097
ポリマ－50,2092
非ポリマー2005
水3,729207
1
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2655
ポリマ－25,1041
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1452
ポリマ－25,1041
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.005, 73.971, 120.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-468-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 25104.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
株: IL1403 / 遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: large square plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M calcium chloride dihydrate, 20% w/v PEG 6000 and 0.1M Tris
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日 / 詳細: beryllium CRL
放射モノクロメーター: C110 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→60.22 Å / Num. obs: 25484 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.35 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2323 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2whe

2whe


解像度: 2.28→19.865 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 1280 5.04 %
Rwork0.2042 --
obs0.207 25374 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→19.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 5 207 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2874947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2412205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2801-2.37120.31131440.252621X-RAY DIFFRACTION100
2.3712-2.4790.3071420.23072648X-RAY DIFFRACTION100
2.479-2.60940.29021490.22712619X-RAY DIFFRACTION100
2.6094-2.77250.30131340.23342664X-RAY DIFFRACTION99
2.7725-2.98590.30051330.23332645X-RAY DIFFRACTION100
2.9859-3.28520.29341530.23492667X-RAY DIFFRACTION99
3.2852-3.75770.30851330.22592676X-RAY DIFFRACTION99
3.7577-4.72380.19821470.16432712X-RAY DIFFRACTION99
4.7238-19.86620.22071450.17022842X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0182-1.5918-2.09882.03521.32921.8914-0.1634-0.0763-0.3521-0.2661-0.0747-0.0320.20890.40240.1320.34520.05130.0530.34380.00850.239138.3738-27.5659-14.3801
23.29781.41811.5792.58381.19053.66190.08620.04660.8226-0.4219-0.36430.1136-0.2868-0.6750.22230.3196-0.00420.03620.3556-0.12260.258713.3718-24.8289-11.0319
32.35650.16561.44891.33630.04652.14860.1571-0.0532-0.35030.0408-0.0711-0.05990.7457-0.5821-0.0390.3722-0.086-0.01780.473-0.05940.275310.564-33.9213-12.6523
46.39214.46782.95853.51782.09052.8368-0.69370.5130.6789-0.7160.2390.6026-0.1050.09430.4260.4577-0.0277-0.01250.29790.00260.341113.5815-22.9283-20.275
53.4587-1.3729-0.45892.14020.26821.6615-0.03050.13840.5198-0.529-0.0493-0.2931-0.00090.14920.06930.2845-0.00190.05050.22510.01040.238937.4648-20.7035-16.6602
61.2943-0.3846-0.20781.4473-0.49981.37890.0070.1049-0.2212-0.1918-0.0362-0.15690.46640.24450.1120.44560.02490.06990.3474-0.03890.276439.3591-36.1267-15.6194
76.1509-4.4318-2.03055.67940.91953.6999-0.3079-0.30720.00810.1952-0.02380.04040.56010.61190.13530.40710.14350.040.5888-0.0140.290453.4448-37.0791-11.1753
83.06120.9873-0.71870.3297-0.55881.7915-0.1229-0.25720.069-0.2425-0.0112-0.00690.20560.2619-0.03610.28820.02430.07950.25890.02190.430838.16174.8198-11.4163
92.9236-0.2942-2.18310.39570.46871.77470.1342-0.68570.9542-0.1151-0.05420.114-0.96811.33560.00070.4745-0.28810.02270.71950.00910.5353.46712.682-8.3477
106.61234.7887-1.25124.251-0.75881.7019-0.6844-0.2984-0.5393-0.70450.2019-0.28240.50310.70950.30740.2537-0.01790.04810.4340.00580.491851.65341.4174-15.8105
112.6477-1.0685-0.00372.4329-0.29941.7191-0.05460.33790.1335-0.4252-0.0473-0.07080.0908-0.13150.17830.2697-0.07670.04990.2865-0.00820.381327.4227-0.6611-17.8493
121.4301-0.45580.18022.60290.27262.4780.04010.41740.5145-0.2256-0.0542-0.1919-0.392-0.0459-0.00110.3065-0.03630.02410.28560.13490.428222.254615.1502-17.5463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 86 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 87 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 208 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 209 through 224 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 30 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 31 through 65 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 66 through 86 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 87 through 140 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 141 through 224 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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