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- PDB-5olr: Rhamnogalacturonan lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5olr
タイトルRhamnogalacturonan lyase
要素Rhamnogalacturonan lyase
キーワードLYASE / Pectin / PL9 / polysaccharide lyase family 9 / Rhamnogalacturonan lyase / endo-acting enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / alpha-galactosidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4990 / Rhamnogalacturonan lyase BT_4170-like, C-terminal / : / Pel9A-like, right handed beta helix region / : / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / DUF4990 domain-containing protein / Pectate lyase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Basle, A. / Luis, A.S. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Dietary pectic glycans are degraded by coordinated enzyme pathways in human colonic Bacteroides.
著者: Luis, A.S. / Briggs, J. / Zhang, X. / Farnell, B. / Ndeh, D. / Labourel, A. / Basle, A. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Lowe, E.C. / McLean, R. / Shearer, K. / Schuckel, J. / ...著者: Luis, A.S. / Briggs, J. / Zhang, X. / Farnell, B. / Ndeh, D. / Labourel, A. / Basle, A. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Stott, K. / Lowe, E.C. / McLean, R. / Shearer, K. / Schuckel, J. / Venditto, I. / Ralet, M.C. / Henrissat, B. / Martens, E.C. / Mosimann, S.C. / Abbott, D.W. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhamnogalacturonan lyase
B: Rhamnogalacturonan lyase
C: Rhamnogalacturonan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,07616
ポリマ－170,9413
非ポリマー2,13513
水31,6521757
1
A: Rhamnogalacturonan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7926
ポリマ－56,9801
非ポリマー8125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rhamnogalacturonan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6425
ポリマ－56,9801
非ポリマー6624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rhamnogalacturonan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6425
ポリマ－56,9801
非ポリマー6624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.458, 123.872, 137.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Rhamnogalacturonan lyase


分子量: 56980.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2534_01516 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A139KMS2, UniProt: Q8A051*PLUS
#2: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 486.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-4DGalpAa1-2LRhapa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2211m-1a_1-5][a2112A-1a_1-5]/1-2-1/a2-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap]{[(2+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1767分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM succinic acid, sodium phosphate glycine buffer pH 6.0 and 25 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→48.4 Å / Num. obs: 536956 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 9262 / CC1/2: 0.378 / % possible all: 33.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.07→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.047 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16643 26889 5 %RANDOM
Rwork0.1447 ---
obs0.1458 509939 94.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.07→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9788 0 126 1757 11671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.95214190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.079321561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21751362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51624.95505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.866151678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8611545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9610.9255191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9560.9255190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1891.3996506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.191.3996507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5151.1275241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.511.1275241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8221.6187640
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.44313.30912122
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.44313.3112123
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.915319649
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.03951098
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.352520039
LS精密化 シェル解像度: 1.075→1.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 839 -
Rwork0.305 16400 -
obs--41.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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