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- PDB-6ukm: STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ukm
タイトルSTING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound MSA-2
要素fusion protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Stimulator of interferon protein c-terminal domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / AGONIST / STING (STIMULATOR OF INTERFERON GENES) / TRANSMEMBRANE PROTEIN 173 (TMEM173) / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR COMPLEX / IMMUNE SYSTEM-AGONIST COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / autophagosome membrane / positive regulation of type I interferon production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / mitochondrial outer membrane / nucleotide binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues ...: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QAD / Stimulator of interferon genes protein / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Lesburg, C.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: An orally available non-nucleotide STING agonist with antitumor activity.
著者: Pan, B.S. / Perera, S.A. / Piesvaux, J.A. / Presland, J.P. / Schroeder, G.K. / Cumming, J.N. / Trotter, B.W. / Altman, M.D. / Buevich, A.V. / Cash, B. / Cemerski, S. / Chang, W. / Chen, Y. / ...著者: Pan, B.S. / Perera, S.A. / Piesvaux, J.A. / Presland, J.P. / Schroeder, G.K. / Cumming, J.N. / Trotter, B.W. / Altman, M.D. / Buevich, A.V. / Cash, B. / Cemerski, S. / Chang, W. / Chen, Y. / Dandliker, P.J. / Feng, G. / Haidle, A. / Henderson, T. / Jewell, J. / Kariv, I. / Knemeyer, I. / Kopinja, J. / Lacey, B.M. / Laskey, J. / Lesburg, C.A. / Liang, R. / Long, B.J. / Lu, M. / Ma, Y. / Minnihan, E.C. / O'Donnell, G. / Otte, R. / Price, L. / Rakhilina, L. / Sauvagnat, B. / Sharma, S. / Tyagarajan, S. / Woo, H. / Wyss, D.F. / Xu, S. / Bennett, D.J. / Addona, G.H.
履歴
登録2019年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Stimulator of interferon protein c-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7512
ポリマ－34,4571
非ポリマー2941
水2,000111
1
A: fusion protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Stimulator of interferon protein c-terminal domain
ヘテロ分子

A: fusion protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Stimulator of interferon protein c-terminal domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5024
ポリマ－68,9132
非ポリマー5892
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area4090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.610, 61.150, 36.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-562-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 fusion protein of Ubiquitin-like protein SMT3 and Stimulator of interferon protein c-terminal domain


分子量: 34456.527 Da / 分子数: 1 / 変異: G230A,R293Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, STING, LOC340061, hCG_1782396
プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: A0A2R3XZB7
#2: 化合物 ChemComp-QAD / 4-(5,6-dimethoxy-1-benzothiophen-2-yl)-4-oxobutanoic acid


分子量: 294.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.05 % / Mosaicity: 0.45 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.738→47.9 Å / Num. obs: 19712 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.738→1.744 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured all: 10069 / Num. unique obs: 3031 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4KSY

4ksy


解像度: 1.74→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9534 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9514 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.098
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 1002 5.1 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.18 19658 91.24 %-
原子変位パラメータBiso max: 158.14 Å2 / Biso mean: 38.45 Å2 / Biso min: 11.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5131 Å20 Å2-0.6267 Å2
2---6.0501 Å20 Å2
3----0.463 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.227 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 34 111 1564
Biso mean--21.62 43.3 -
残基数----176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011512HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.012065HARMONIC2
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 153 5.06 %
Rwork0.2095 2868 -
all0.2124 3021 -
obs--96.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.0684 Å / Origin y: 5.5377 Å / Origin z: -18.9822 Å
111213212223313233
T-0.0563 Å2-0.0017 Å2-0.0081 Å2--0.0113 Å20.0168 Å2---0.0169 Å2
L1.5337 °2-0.6716 °2-0.0008 °2-1.2014 °20.0691 °2--0.4399 °2
S-0.056 Å °0.0454 Å °0.204 Å °-0.0789 Å °0.0474 Å °0.1044 Å °-0.0058 Å °-0.1401 Å °0.0086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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