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- PDB-5oln: X-Ray Structure of the Complex Pyrimidine-nucleoside phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oln
タイトルX-Ray Structure of the Complex Pyrimidine-nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis at 1.88 A
要素Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase / NP-2 superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyuridine phosphorylase activity / pyrimidine-nucleoside phosphorylase / pyrimidine nucleoside metabolic process / thymidine phosphorylase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C ...Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Balaev, V.V. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Lashkov, A.A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Grant of the President of Russian FederationMK-9246.2016.3. ロシア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of pyrimidine-nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis in complex with imidazole and sulfate.
著者: Balaev, V.V. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Lashkov, A.A.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0327
ポリマ－92,6662
非ポリマー3655
水8,107450
1
A: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4643
ポリマ－46,3331
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5674
ポリマ－46,3331
非ポリマー2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.368, 93.010, 139.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Py-NPase


分子量: 46333.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: pdp, BSU39400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P39142, pyrimidine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M Amonium acetate, 0.1 M Bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→77.447 Å / Num. all: 67839 / Num. obs: 67839 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.1 % / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.207 / Rsym value: 0.198 / Net I/av σ(I): 3.1 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 755376
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.88-1.9811.61.0550.711293397250.321.1031.0552.497.7
1.98-2.111.30.7141.110399091950.220.7480.7143.498
2.1-2.2511.10.4921.69580985990.1520.5160.4924.697
2.25-2.4311.60.3682.19436681330.1120.3850.368698.4
2.43-2.66110.2772.78316875340.0870.2910.2777.198.5
2.66-2.9711.30.2013.67724468470.0620.2110.2019.698.7
2.97-3.43110.1494.56680661010.0470.1560.1491399.2
3.43-4.210.60.1115.35524152170.0360.1170.1111999.4
4.2-5.9510.40.0955.84265341090.0310.10.09520.799.6
5.95-46.6189.70.0676.42316623790.0220.070.06721.999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.74 Å46.5 Å
Translation7.74 Å46.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EP8

5ep8


解像度: 1.88→46.505 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 3363 4.96 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
obs0.2014 67757 98.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.36 Å2 / Biso mean: 30.1925 Å2 / Biso min: 10.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→46.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6473 0 28 450 6951
Biso mean--34.16 29.76 -
残基数----867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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