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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ola
タイトルStructure of mitochondrial transcription elongation complex in complex with elongation factor TEFM
要素
  • DNA (30-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
  • Transcription elongation factor, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION / Elongation Factor / Mitochondria / Resolvase / RNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA primase activity / oxidative phosphorylation / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid ...transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA primase activity / oxidative phosphorylation / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, mitochondrial / Helix-hairpin-helix motif / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase ...Transcription elongation factor, mitochondrial / Helix-hairpin-helix motif / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / RuvA domain 2-like / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial / Transcription elongation factor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.904 Å
データ登録者Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of HealthRO1 GM104231 米国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
German Research FoundationSPP1935 ドイツ
European Research Council693023 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria.
著者: Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y.I. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor, mitochondrial
B: Transcription elongation factor, mitochondrial
C: Transcription elongation factor, mitochondrial
D: Transcription elongation factor, mitochondrial
E: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
N: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
R: RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
T: DNA (30-MER)
F: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
H: RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
I: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,30112
ポリマ－407,30112
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription elongation factor, mitochondrial
B: Transcription elongation factor, mitochondrial
E: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
N: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
R: RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
T: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,6506
ポリマ－203,6506
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transcription elongation factor, mitochondrial
D: Transcription elongation factor, mitochondrial
F: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
H: RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
I: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,6506
ポリマ－203,6506
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)224.530, 155.550, 164.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor, mitochondrial


分子量: 27471.811 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 136-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEFM, C17orf42 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q96QE5
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial / MtRPOL


分子量: 123326.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 151-1230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLRMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00411, DNA-directed RNA polymerase
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*C)-3')


分子量: 10491.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4493.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 10394.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: BIS-TRIS, Ammonium Sulfate, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→49.16 Å / Num. obs: 46976 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.12 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Net I/σ(I): 9.72
反射 シェル解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 2.187 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 3366 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BOC, TEFM CTD

4boc


解像度: 3.904→49.153 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 2345 5 %
Rwork0.2429 --
obs0.2445 46931 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.904→49.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22644 2478 0 0 25122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00425944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62435646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.15915338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054142
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9042-3.98380.38661290.36092507X-RAY DIFFRACTION97
3.9838-4.07040.31691380.32062620X-RAY DIFFRACTION100
4.0704-4.1650.35771380.32322624X-RAY DIFFRACTION100
4.165-4.26910.32611380.32615X-RAY DIFFRACTION100
4.2691-4.38450.34181370.27512622X-RAY DIFFRACTION100
4.3845-4.51340.2891370.26442605X-RAY DIFFRACTION100
4.5134-4.6590.32441370.25422602X-RAY DIFFRACTION100
4.659-4.82540.27431390.24012632X-RAY DIFFRACTION100
4.8254-5.01840.28461390.25142646X-RAY DIFFRACTION100
5.0184-5.24660.25881390.25042619X-RAY DIFFRACTION100
5.2466-5.52280.30031370.26122609X-RAY DIFFRACTION100
5.5228-5.86830.28641390.26652649X-RAY DIFFRACTION100
5.8683-6.32060.35231370.27632620X-RAY DIFFRACTION100
6.3206-6.9550.30751390.24892629X-RAY DIFFRACTION100
6.955-7.95780.25991390.22512654X-RAY DIFFRACTION100
7.9578-10.0120.18971400.16522654X-RAY DIFFRACTION100
10.012-49.1570.2311430.21652679X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01780.0044-0.0710.01780.08840.31060.96951.33411.9436-0.79820.78782.7695-1.8282-2.3079-0.00361.75770.1140.12492.2278-0.1812.329-22.541721.883368.8559
22.76120.37561.00122.94190.55122.65410.0896-0.01110.25990.0848-0.31150.08110.0519-0.05520.00011.4436-0.1363-0.08731.3132-0.1871.4467-4.297611.453774.8316
30.3219-0.8314-0.47321.32040.75722.01250.3122-0.26180.38510.0697-0.23180.4046-0.6154-0.195801.4507-0.10350.10641.7006-0.26361.6598-9.78122.58783.0251
40.25970.0401-0.40520.10620.28250.68210.64730.090.2728-0.2162-0.13980.04590.19220.0106-0.00011.6501-0.0522-0.26331.13670.07791.34312.2935-13.625962.1645
50.99380.06120.61670.22470.14330.2438-0.1370.7250.1644-1.64020.5477-0.5243-0.2488-0.0750.00022.03250.1636-0.4751.6476-0.20171.4991-9.39-3.31451.1355
61.3479-1.22930.79221.0768-0.80021.59340.05040.4553-0.3232-0.742-0.09680.41140.2066-0.110701.3827-0.0052-0.18071.3205-0.15071.3899-4.65990.15561.0722
70.1297-0.24630.23780.3762-0.32160.2814-0.6475-0.3202-0.548-0.79010.054-0.3973-0.61932.01160.00091.9986-0.20130.07541.7976-0.02841.11887.9994-7.724848.4378
80.20080.20040.18730.13150.18230.20510.67961.44930.43240.00830.3913-1.44020.55450.76130.00112.45420.2695-0.45651.9397-0.03921.7145-1.3834-19.750438.8787
91.00220.6188-0.84970.8436-0.69740.5967-0.17691.7516-0.2121-0.84540.44930.796-0.68930.1631-0.00072.25970.0255-0.43241.6037-0.04541.1687-5.9199-12.826545.1571
100.50630.3296-0.52580.2264-0.28290.48260.1802-0.7845-0.54361.53570.1847-2.86321.62191.55570.00261.63030.038-0.28091.91710.09991.806-20.2109-27.215529.496
112.9520.36740.04973.3698-2.46353.15540.2559-0.2887-0.11950.3306-0.17670.1010.1859-0.0898-01.2023-0.112-0.10441.2649-0.10661.2123-38.3057-22.750624.8784
120.84530.7049-0.59910.5447-0.41450.30940.29470.78191.3119-0.4457-0.64630.8071-1.0715-0.27540.00061.20090.1816-0.09681.60990.05691.6649-32.66697.92936.8039
130.98720.460.290.37110.19790.5935-0.79570.40340.7351-0.51350.87820.38770.16280.01490.00021.0237-0.1220.25211.53630.47341.9597-16.49555.27527.1466
140.42150.3749-0.0180.5734-0.16040.0639-0.27982.0121-0.6482-0.81390.7593-2.22941.18192.59280.0081.16610.2601-0.09491.8725-0.06342.2241-15.7204-15.15738.5837
151.9692-0.6933-0.65911.9228-0.86861.64060.02980.96580.0287-0.1786-0.102-0.60990.28140.5591-0.00041.04150.0846-0.13091.42230.04431.2173-25.3205-7.57559.0369
160.0188-0.03070.0370.06430.04460.0795-0.44170.4070.51630.89551.21881.7152-0.437-0.37580.00031.11730.0017-0.1711.3289-0.02181.4045-34.31292.946419.6543
170.5149-0.29830.03570.55170.33560.3107-1.0581.0608-0.2315-0.9740.0693-0.37220.30510.8324-0.00661.05680.1820.14021.81270.11261.4611-22.24473.7369-6.8427
180.09350.24750.14772.17080.18080.20540.46150.75980.3329-0.6283-0.69581.7747-0.1431.1908-0.04551.32710.24180.41492.45390.97271.8412-12.847718.6061-3.1446
190.2826-0.24950.22650.1346-0.08520.12880.01071.9712-0.10140.6438-0.6556-1.22921.13882.27950.0021.47180.08520.28872.71640.49982.2765-6.1974.8141.544
200.26140.06420.37730.2780.17950.4287-0.8505-0.7659-0.995-0.09720.5686-0.30560.27440.59180.00010.90010.09030.27061.50610.16141.3757-22.958.17520.505
210.4948-0.1776-1.22641.7150.27381.46040.0057-0.9676-0.15151.49670.2334-0.21691.09540.45610.00012.4492-0.1449-0.47542.25930.49921.946541.671622.7357105.6777
225.4803-0.10710.16420.66310.05381.16390.2954-0.71610.27530.3987-0.33690.16820.009-0.0877-0.00011.4794-0.1285-0.00141.2383-0.00051.391427.632240.490683.6731
231.3315-0.3682-0.4171.30460.2861.513-0.2496-0.2302-0.63950.23720.14070.42030.071-0.2886-01.4411-0.1417-0.01971.22390.05081.507530.845439.089566.7057
240.96250.27920.01311.95290.12110.5446-0.23530.5858-0.4212-0.44310.1111-0.26950.2643-0.0796-01.5961-0.15370.07391.4826-0.06991.634543.12726.72251.0706
250.66270.1979-0.70140.0509-0.05780.3993-0.33210.5206-0.5045-0.97070.20671.12990.0031-0.0801-02.7888-0.6962-0.72092.46980.15482.78927.263222.13155.6213
261.5918-1.31672.16543.9894-2.21162.86981.6838-0.1614-1.67110.54141.08850.4099-0.6574-1.36210.13922.3545-0.10821.0973.08550.57784.300821.7537-12.543268.0712
270.4424-0.3666-0.38970.16450.28180.1494-1.24630.1702-0.93371.33350.21791.02381.56470.47220.00212.298-0.06790.21271.8172-0.02371.998124.901329.150558.3116
281.48380.1001-0.5521-0.1403-0.3911-0.6785-0.49830.0796-0.3639-1.73170.3459-0.1223-0.1187-0.24990.00211.9588-0.26370.04721.7950.01412.208526.91527.62761.6418
290.27430.1604-0.08390.26250.03890.05691.30140.5918-0.5529-2.598-0.23061.99090.96960.2577-0.0051.80830.064-0.41772.2453-0.34133.33614.208332.3660.6359
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310.1696-0.250.79662.0152-0.35021.01960.2049-0.34340.5490.57650.20150.33890.2737-0.8599-0.00011.28650.0382-0.01542.1812-0.39821.9404-91.0236-29.63328.2979
323.4276-0.12851.95240.2121-0.54531.48440.2363-0.45710.03820.0946-0.2560.01660.3843-0.2950.00011.1453-0.1715-0.04961.3283-0.21491.4169-65.5366-46.79612.5035
330.1080.2699-0.12231.0489-0.0161.56160.00810.1534-0.1614-0.05170.0162-0.0939-0.12170.050901.25840.001-0.01791.362-0.23581.3769-61.225-42.4315-10.5612
340.9741-0.17880.16131.8606-0.32470.5930.01450.25740.1773-0.37510.0342-0.4594-0.52260.535501.6724-0.22820.08771.6076-0.21721.5859-50.6021-33.1473-30.0254
350.025-0.11320.06220.7651-0.52690.70820.6024-0.40010.04910.91331.37910.0349-0.95780.97130.07592.3703-0.5661-0.19643.1572-1.14864.1687-23.2304-38.09046.5278
360.74250.17270.33880.4487-0.14940.1969-1.434-1.14591.33391.18280.6804-1.1013-0.62940.3302-0.00013.6561-0.0649-0.2532.4608-0.26692.6615-47.911.1822-10.3133
370.33080.17070.34920.4443-0.42040.51110.02371.16610.49561.7077-0.3194-0.1481-3.0365-0.6201-0.00122.1811-0.19740.08742.0324-0.30362.0139-44.805-34.5616-12.8777
380.25070.08881.50660.35470.20652.0665-0.09260.588-0.4204-0.80740.1241-1.1964-0.82840.6571-0.00032.1134-0.24070.06451.7777-0.00731.8447-48.8071-13.2397-11.9648
393.15260.295-0.46830.027-0.06950.1350.9323-0.80622.51110.6927-0.1824-0.26860.50060.75740.38252.5044-0.0037-0.88723.01210.04782.0307-24.22-42.90498.6256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 146 through 168 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 169 through 261 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 262 through 357 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 151 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 176 through 208 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 209 through 272 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 273 through 296 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 297 through 315 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 316 through 357 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 146 through 168 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 169 through 357 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 151 through 175 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 176 through 196 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 197 through 208 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 209 through 261 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 262 through 272 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 273 through 304 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 305 through 318 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 319 through 337 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 338 through 357 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 218 through 378 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 379 through 620 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 621 through 751 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 752 through 1230 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'N' and (resid -25 through -3 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'N' and (resid -2 through 3 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'R' and (resid 1 through 9 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'T' and (resid -12 through 7 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'T' and (resid 8 through 12 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'T' and (resid 13 through 17 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 218 through 378 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 379 through 614 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 615 through 722 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 723 through 1230 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid -25 through -8 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid -7 through 3 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 1 through 9 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'I' and (resid -12 through 7 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'I' and (resid 8 through 17 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る