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- PDB-5oj7: Sirtuin 4 orthologue from Xenopus Tropicalis in complex with ADP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oj7
タイトルSirtuin 4 orthologue from Xenopus Tropicalis in complex with ADP-ribose
要素NAD-dependent protein deacylase
キーワードHYDROLASE / Sirt4 Deacylase Posttranslational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transferase activity / mitochondrial matrix / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class II / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / NAD-dependent protein deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Pannek, M. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Oberfrankenstiftung ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the mitochondrial deacylase Sirtuin 4 reveal isoform-specific acyl recognition and regulation features.
著者: Pannek, M. / Simic, Z. / Fuszard, M. / Meleshin, M. / Rotili, D. / Mai, A. / Schutkowski, M. / Steegborn, C.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0658
ポリマ－32,1001
非ポリマー9657
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Single, monomeric gelfiltration peak
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.390, 74.660, 109.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

21A-734-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase / Regulatory protein SIR2 homolog


分子量: 32100.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: sirt4, TGas015j14.1-001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus
参照: UniProt: Q28CB4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % / 解説: Diamond-shape
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M BICINE pH 8.0 17% PEG6000 / PH範囲: 7.8-8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.911656 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月2日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.911656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→20 Å / Num. obs: 39280 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 5.2 % / Num. unique obs: 2868 / CC1/2: 0.7 / Rrim(I) all: 0.853 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6.位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TWI

4twi


解像度: 1.58→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.184 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18648 1964 5 %RANDOM
Rwork0.1524 ---
obs0.15411 37316 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-0 Å2
2--0.66 Å2-0 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2257 0 59 261 2577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0192410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6081.9583279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2893.0025153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6575299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19723.391115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9915382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8381519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3192.4791160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3112.4781159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3513.7041453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3523.7051454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.572.9251249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5692.9251249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3034.2241821
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.15821.5042867
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.15821.5042867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 142 -
Rwork0.267 2705 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53180.17490.32320.25950.12020.5315-0.0141-0.0006-0.0502-0.0077-0.0225-0.0226-0.0117-0.00440.03650.0018-0.00480.00040.02350.00250.018823.158515.188740.0645
200000000000000-00.0902-0.0695-0.08540.05370.06590.080941.372131.952947.1162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2C1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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