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- PDB-5oj4: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oj4
タイトルCrystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) D182A variant in complex with mannosylglycerate
要素Hydrolase
キーワードHYDROLASE / Mycobacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process
類似検索 - 分子機能
Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Glycoside hydrolase family 63 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2M8 / GLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glucosylglycerate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCI-01-0145-FEDER-007274 ポルトガル
Norte Portugal Regional Operational Programme NORTE 2020Norte-01-0145-FEDER-000012 ポルトガル
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.
履歴
登録2017年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.32019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase
B: Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,21324
ポリマ－101,8272
非ポリマー2,38622
水15,241846
1
A: Hydrolase
B: Hydrolase
ヘテロ分子

A: Hydrolase
B: Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,42748
ポリマ－203,6544
非ポリマー4,77344
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.329, 159.632, 91.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Hydrolase


分子量: 50913.484 Da / 分子数: 2 / 変異: D182A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#5: 糖 ChemComp-2M8 / (2R)-3-hydroxy-2-(alpha-D-mannopyranosyloxy)propanoic acid / 2-O-ALPHA-MANNOSYL-D-GLYCERATE / (2R)-3-hydroxy-2-(alpha-D-mannosyloxy)propanoic acid / (2R)-3-hydroxy-2-(D-mannosyloxy)propanoic acid / (2R)-3-hydroxy-2-(mannosyloxy)propanoic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 268.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O9

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非ポリマー , 4種, 866分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→49.11 Å / Num. obs: 117039 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.436 / Rrim(I) all: 1.141 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz


解像度: 1.79→49.11 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 5861 5.01 %
Rwork0.144 --
obs0.1454 116974 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 157 846 8163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98610626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8644600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.81030.29732020.28273496X-RAY DIFFRACTION95
1.8103-1.83160.30581810.25743498X-RAY DIFFRACTION96
1.8316-1.8540.28941920.24473566X-RAY DIFFRACTION97
1.854-1.87740.22991730.22043630X-RAY DIFFRACTION98
1.8774-1.90220.22422060.20563589X-RAY DIFFRACTION98
1.9022-1.92820.24541870.20513657X-RAY DIFFRACTION99
1.9282-1.95580.22652170.19073668X-RAY DIFFRACTION100
1.9558-1.9850.21562240.18643666X-RAY DIFFRACTION100
1.985-2.0160.20191950.17593700X-RAY DIFFRACTION100
2.016-2.0490.18872160.16083631X-RAY DIFFRACTION100
2.049-2.08440.18481830.15673724X-RAY DIFFRACTION100
2.0844-2.12230.18221800.1553719X-RAY DIFFRACTION100
2.1223-2.16310.18722030.14953681X-RAY DIFFRACTION100
2.1631-2.20720.17191950.14333687X-RAY DIFFRACTION100
2.2072-2.25520.20481970.14393701X-RAY DIFFRACTION100
2.2552-2.30770.16121780.13813745X-RAY DIFFRACTION100
2.3077-2.36540.15461860.13523702X-RAY DIFFRACTION100
2.3654-2.42930.18862010.14323701X-RAY DIFFRACTION100
2.4293-2.50080.17082040.1373709X-RAY DIFFRACTION100
2.5008-2.58150.17382090.14243724X-RAY DIFFRACTION100
2.5815-2.67380.19031940.14073719X-RAY DIFFRACTION100
2.6738-2.78080.17831940.13693742X-RAY DIFFRACTION100
2.7808-2.90740.16072170.13713708X-RAY DIFFRACTION100
2.9074-3.06070.16322000.13453764X-RAY DIFFRACTION100
3.0607-3.25240.16331900.1323732X-RAY DIFFRACTION100
3.2524-3.50340.16721910.13093753X-RAY DIFFRACTION100
3.5034-3.85590.13731680.12033814X-RAY DIFFRACTION100
3.8559-4.41350.12811840.11023829X-RAY DIFFRACTION100
4.4135-5.55930.14662020.12793829X-RAY DIFFRACTION100
5.5593-49.12870.1841920.16664029X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5080.29060.80083.8772-0.9473.10810.01120.0127-0.0734-0.13060.06680.09480.0706-0.0869-0.06330.07870.01250.00970.119-0.01510.169641.74478.727339.3349
20.80780.01210.05481.094-0.10861.20810.01120.07130.1158-0.07730.00960.1102-0.2365-0.067-0.01840.17350.01820.00880.12840.0140.192539.871726.518641.2196
31.94481.12991.37441.95970.91043.35360.1808-0.3115-0.05760.4911-0.1701-0.05120.08280.0932-0.00770.3236-0.0920.00910.26450.03160.1752.046511.672388.1979
41.43210.19410.06851.322-0.07181.40640.1292-0.25230.0760.3716-0.1477-0.1975-0.23980.23980.0260.3488-0.1215-0.03710.2732-0.00610.192460.111324.871783.417
51.0045-0.04880.25672.4553-0.89981.92910.07410.0065-0.09910.0251-0.108-0.25760.06090.26710.02250.1478-0.0241-0.01320.1934-0.01090.185362.120512.16568.6728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 446 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 118 through 320 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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