PDB-5oj2: Crystal structure of the chicken MDGA1 ectodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oj2

タイトル

Crystal structure of the chicken MDGA1 ectodomain

要素

MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

キーワード

CELL ADHESION / neuroligin-neurexin / synapse formation / austism spectrum disorders (ASDs) / synaptic transmission

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron migration / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Elegheert, J. / Clayton, A.J. / Aricescu, A.R.

資金援助

英国,

カナダ,

米国, 12件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (United Kingdom)	G0700232	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	L009609	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	MC_UP_1201/15	英国
CIHR	FDN-143206	カナダ
CIHR	NDD-144222	カナダ
National Institutes of Health	R00 DC013805	米国
European Molecular Biology Organization	ALTF 1116-2012	英国
Marie-Curie	FP7-328531	英国
Cancer Research UK	C375/A10976	英国
National Institutes of Health	MH085926	米国
National Institutes of Health	GM105730	米国
Wellcome Trust	090532/Z/09/Z	英国

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2017
タイトル: Structural Mechanism for Modulation of Synaptic Neuroligin-Neurexin Signaling by MDGA Proteins.
著者: Elegheert, J. / Cvetkovska, V. / Clayton, A.J. / Heroven, C. / Vennekens, K.M. / Smukowski, S.N. / Regan, M.C. / Jia, W. / Smith, A.C. / Furukawa, H. / Savas, J.N. / de Wit, J. / Begbie, J. / ...

履歴

登録	2017年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oj2.cif.gz	578.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oj2.ent.gz	479.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oj2_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oj2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5oj2_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	5oj2_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oj6C 5ojkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fqy-d 6e3h-d 5bzz-d 3sma-d 4fqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

210 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, equilibrium centrifugation
105 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.180, 109.040, 208.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

MAM domain-containing glycosylphosphatidylinositol anchor protein 1

分子量: 102847.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MDGA1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0WYX8

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 3% w/v polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97938 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→96.651 Å / Num. obs: 39616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2874 / CC_1/2: 0.622 / R_rim(I) all: 1.415 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2044)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→96.651 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2514	3851	5.14 %
R_work	0.2144	-	-
obs	0.2163	39613	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→96.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10788	0	299	0	11087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11348
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.986	15499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.111	6943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.239	0.3808	122	0.3767	2522	X-RAY DIFFRACTION	99
3.239-3.28	0.3922	164	0.3495	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.3232	0.3983	124	0.3288	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3232-3.3687	0.3405	143	0.3119	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3687-3.4168	0.3446	136	0.3024	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4168-3.4678	0.3599	148	0.2817	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4678-3.522	0.3063	127	0.283	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.522-3.5798	0.2862	129	0.2672	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5798-3.6415	0.3145	130	0.2671	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6415-3.7077	0.2641	134	0.2619	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7077-3.7791	0.3641	133	0.2553	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7791-3.8562	0.3128	143	0.2584	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8562-3.94	0.3052	143	0.2548	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.0317	0.2834	140	0.2446	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0317-4.1325	0.2773	152	0.2192	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1325-4.2443	0.1997	185	0.1892	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2443-4.3691	0.2141	144	0.1894	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3691-4.5102	0.2192	121	0.1744	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5102-4.6714	0.1686	130	0.171	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6714-4.8584	0.2053	154	0.1748	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8584-5.0795	0.2346	160	0.1668	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0795-5.3473	0.177	115	0.1596	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3473-5.6823	0.211	144	0.175	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6823-6.1209	0.247	153	0.1882	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1209-6.7368	0.2512	89	0.2004	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7368-7.7112	0.2677	137	0.2145	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7112-9.7139	0.2215	125	0.1836	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
9.7139-96.6951	0.2326	126	0.2131	2508	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0002	1.1202	-0.5776	4.755	-1.4926	0.3104	-0.0512	-0.1083	0.0427	0.358	-0.068	-0.3653	-0.0986	-0.1064	0.1522	0.7712	-0.0121	-0.1723	0.6521	0.1155	0.7893	2.9703	-62.2115	9.7875
2	1.9141	1.0874	1.9442	1.35	1.2423	3.4927	-0.1148	0.3901	-0.1233	-0.3176	0.4559	-0.3798	-0.4754	0.3891	-0.3274	0.6674	-0.0387	0.151	0.5654	0.1496	0.961	6.0926	-52.8006	-28.5843
3	5.4712	3.5565	-3.4065	4.0692	-0.5798	4.9375	-0.1384	0.2337	0.7831	-0.2622	0.1192	-0.1629	-0.171	0.4847	0.1105	0.376	-0.0047	-0.0284	0.6005	0.0604	0.4905	-14.5186	-74.9063	-43.9547
4	1.9888	0.4825	-0.1275	1.9869	2.0468	5.0345	0.516	-0.39	-0.1491	0.3774	-0.3155	-0.147	0.2788	-0.6874	-0.1246	0.5614	-0.0796	0.0034	0.4945	0.1776	0.4829	-6.5598	-109.0263	13.9906
5	0.169	-0.9662	-0.6376	4.0647	-0.2948	-0.1909	-0.1407	0.1814	0.0497	-0.6024	0.0175	0.1151	0.1543	0.0309	0.1683	0.9925	-0.083	-0.2864	0.7286	-0.0346	0.9246	-2.1136	-67.0068	-15.1495
6	1.2032	-0.7605	2.4795	0.6598	-1.7267	5.943	-0.137	-0.3601	0.0433	0.0656	0.4935	0.3115	-0.1365	-0.8357	-0.3589	0.6053	0.0472	-0.1029	0.7796	-0.005	0.852	-6.4676	-49.3278	19.9209
7	3.04	-2.5793	-1.6276	5.0556	1.7959	3.4917	-0.086	-0.1518	-0.128	-0.0856	-0.1114	0.3747	-0.2989	-0.46	0.1798	0.5236	0.0276	-0.0917	0.5517	0.0351	0.3929	13.9645	-67.6499	40.7171
8	1.8323	-0.2014	0.1298	2.8157	2.0978	5.3871	0.3414	0.2639	-0.1012	-0.2374	0.0998	-0.4434	-0.1439	0.1301	-0.4208	0.3687	0.0648	0.1143	0.3297	-0.0106	0.5322	8.1529	-111.8448	-8.5611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 19:201)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 202:382)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 383:535)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 536:735)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 19:191)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 192:388)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 389:535)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain b and resid 734 and name SE

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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