PDB-5oi1: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oi1

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) D182A variant in complex with serine and glycerol

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oi1.cif.gz	400.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oi1.ent.gz	328.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/5oi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi0C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5ontC 5onzC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oie-1 5onz-1 5ohz-d 5oiw-1 5ojv-1 5oiv-1 5oi0-1 5ont-1 6g3n-1 5oju-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/468 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.286, 158.046, 87.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 50913.484 Da / 分子数: 2 / 変異: D182A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→42.23 Å / Num. obs: 119738 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.987 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.48 / R_rim(I) all: 1.102 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 1.75→40.007 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1719	5953	4.97 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1475	119673	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.007 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7160	0	80	776	8016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	10794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.959	4657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2802	189	0.259	3755	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7699-1.7907	0.2995	212	0.2496	3777	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7907-1.8125	0.2577	193	0.2471	3763	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8125-1.8355	0.2655	198	0.2256	3796	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8355-1.8596	0.2629	194	0.2175	3768	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8596-1.8851	0.2423	200	0.2009	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.912	0.2262	193	0.1973	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.9406	0.2065	220	0.1834	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2154	225	0.1773	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0032	0.1884	188	0.1696	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	0.2277	197	0.1582	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.1944	193	0.1577	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1147	0.1867	208	0.1538	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1147-2.1579	0.1964	228	0.1513	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.1645	222	0.1394	3791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.1588	170	0.1379	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	0.1701	159	0.1384	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.375	0.1629	183	0.139	3820	X-RAY DIFFRACTION	99
2.375-2.4449	0.1989	194	0.1428	3784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4449-2.5238	0.1659	188	0.1429	3758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5238-2.614	0.1639	175	0.1471	3497	X-RAY DIFFRACTION	90
2.614-2.7186	0.2083	132	0.1407	3398	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7186-2.8423	0.1781	195	0.1441	3802	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8423-2.9921	0.1836	232	0.1395	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9921-3.1795	0.1562	215	0.134	3847	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1795-3.4249	0.1585	244	0.1341	3809	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4249-3.7693	0.1504	196	0.1233	3877	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7693-4.3142	0.1298	203	0.1142	3891	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3142-5.4333	0.1456	202	0.1288	3935	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4333-40.0176	0.1671	205	0.1706	4062	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9753	-0.5957	0.2561	4.311	1.4205	3.6117	0.003	-0.0447	-0.0834	0.2254	0.0291	-0.1505	0.0765	0.0921	-0.0251	0.1441	-0.0165	-0.0041	0.1072	0.0228	0.1726	-42.285	9.3142	-37.4446
2	6.0903	-0.3432	0.6697	2.7952	0.5758	5.3154	0.0199	-0.7356	-0.1029	0.7904	0.016	-0.0206	0.142	0.0019	-0.0111	0.4118	-0.0463	-0.0083	0.2029	-0.0119	0.1777	-43.7561	23.6426	-22.2478
3	1.157	0.1129	-0.0271	1.2006	0.0731	1.1186	0.0099	-0.0569	0.161	0.1244	0.0057	-0.1075	-0.2248	0.0444	-0.0115	0.2171	-0.0121	-0.0058	0.1269	-0.0141	0.2079	-41.8181	30.1741	-39.7763
4	1.5199	-0.1879	0.538	1.1955	0.0854	1.6026	0.0003	0.0425	0.012	-0.0035	0.0276	-0.2585	-0.0564	0.1627	-0.0446	0.142	-0.0166	0.0161	0.1224	-0.0105	0.2113	-34.3981	17.4708	-48.3931
5	1.3693	-1.7889	1.6526	4.0764	-1.2754	3.9172	0.1723	0.1798	-0.1468	-0.2974	-0.1487	0.0575	0.132	-0.095	-0.0282	0.1682	0.0653	0.0101	0.2349	-0.0332	0.1677	-49.3649	6.8755	-80.1118
6	2.4729	-0.0482	1.9998	0.9471	0.0236	5.0455	0.2568	0.6772	-0.0365	-0.4073	-0.2234	0.0088	-0.0161	0.0797	-0.0728	0.3394	0.1532	0.0162	0.3914	0.0145	0.1971	-52.947	19.3539	-89.4078
7	1.0879	-0.2512	-0.0944	1.2415	0.0412	1.3879	0.1037	0.2362	-0.0184	-0.191	-0.1268	0.2153	-0.1426	-0.2199	0.0099	0.1986	0.08	-0.0341	0.2534	-0.0118	0.1992	-62.7749	19.9315	-75.8147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 365 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 366 through 446 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 135 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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