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- PDB-5oht: A GH31 family sulfoquinovosidase from E. coli in complex with aza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oht
タイトルA GH31 family sulfoquinovosidase from E. coli in complex with aza-sugar inhibitor IFGSQ
要素Sulfoquinovosidase
キーワードHYDROLASE / sulfoglycosidase / sulfoglycolysis / complex / general acid-base varient
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfoquinovosidase / sulfoquinovosidase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Sulfoquinovosidase YihQ-like / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II ...: / Sulfoquinovosidase YihQ-like / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9VH / Sulfoquinovosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Jin, Y. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Insights into the Function and Evolution of Sulfoquinovosidases.
著者: Abayakoon, P. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / John, A. / Ryan, E. / Wai-Ying Mui, J. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / Davies, G.J. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfoquinovosidase
B: Sulfoquinovosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,3506
ポリマ－156,8482
非ポリマー5034
水11,133618
1
A: Sulfoquinovosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6753
ポリマ－78,4241
非ポリマー2512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sulfoquinovosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6753
ポリマ－78,4241
非ポリマー2512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.473, 86.269, 86.810
Angle α, β, γ (deg.)100.760, 113.770, 97.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Sulfoquinovosidase / SQase


分子量: 78423.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: yihQ, squQ, b3878, JW3849 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32138, sulfoquinovosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-9VH / [(3~{S},4~{R},5~{R})-4,5-bis(oxidanyl)piperidin-3-yl]methanesulfonic acid


分子量: 211.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 MG/ML-1 PROTEIN IN 50 MM NAPO4 , PH6.5, AND 250 MM NACL BUFFER IS MIXED WITH EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT COMPOSED OF 50-60% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1-0.15 M CACL2, AND 20 DEGREE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→44.62 Å / Num. obs: 140829 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0378 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6956 / CC1/2: 0.622 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia23.1データ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5aee

5aee


解像度: 1.87→44.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.113
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 6991 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.1678 140828 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.14 Å2 / Biso mean: 42.6633 Å2 / Biso min: 22.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-1.59 Å20.16 Å2
2---2.68 Å2-0.14 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→44.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10675 0 28 618 11321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01911027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.92615004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.8752.99722261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9251335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81324.27548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.399151712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9551549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.022435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7194.0785343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7194.0785342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6216.0866671
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 515 -
Rwork0.313 9830 -
all-10345 -
obs--96.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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