PDB-5ohc: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ohc

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) in complex with glycerol

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ohc.cif.gz	390.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ohc.ent.gz	320 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ohc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5ohc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohzSC 5oi0C 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5ontC 5onzC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oo2-1 5ojv-1 5oju-1 5oiw-1 5oj4-1 5oi1-1 5onz-1 5ont-1 20078 6n0b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/464 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.853, 159.282, 91.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 50957.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40.28 Å / Num. obs: 84736 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.276 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.622 / R_rim(I) all: 1.426 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 2→40.279 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	4330	5.11 %
R_work	0.1668	-	-
obs	0.1689	84685	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.279 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7166	0	60	705	7931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	10419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.371	4492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1371

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.345	148	0.3281	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.4041	129	0.3172	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.373	143	0.3034	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.3491	132	0.2764	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.3192	149	0.267	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2942	155	0.2489	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.288	128	0.2399	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2823	156	0.2215	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.269	159	0.2279	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2698	170	0.2144	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2661	123	0.2019	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3712	0.2376	133	0.195	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3712-2.4168	0.251	136	0.1928	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4168-2.4661	0.2366	152	0.1859	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5197	0.2369	143	0.1749	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.5784	0.2279	154	0.1762	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5784-2.6428	0.202	149	0.1719	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6428-2.7143	0.218	126	0.166	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7143-2.7941	0.217	155	0.1717	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7941-2.8843	0.2224	136	0.1655	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8843-2.9873	0.21	158	0.1604	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9873-3.1069	0.198	178	0.1581	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1069-3.2482	0.2092	149	0.1561	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2482-3.4194	0.1853	134	0.1596	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.6335	0.1893	138	0.1451	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6335-3.9138	0.1538	129	0.1349	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9138-4.3073	0.1541	126	0.1209	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3073-4.9296	0.1655	141	0.1194	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9296-6.2072	0.1933	152	0.1489	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2072-40.2873	0.1742	149	0.1624	2869	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0137	0.2932	0.2614	4.5963	-2.5192	3.2225	0.0169	0.1875	0.0191	-0.349	0.0528	0.1026	0.1062	-0.1291	-0.0609	0.1442	0.032	0.0253	0.1882	-0.028	0.2188	42.1705	14.9925	32.8538
2	1.1751	0.054	0.0172	1.0712	-0.0694	1.051	0.0343	0.0456	0.1923	-0.0342	-0.0063	0.167	-0.1959	-0.0765	-0.0253	0.183	0.028	0.0298	0.1569	0.0074	0.2917	39.3081	26.9672	43.4991
3	2.1052	2.0194	2.0336	2.8638	0.4839	4.3159	0.3914	-0.2617	-0.0651	0.6004	-0.3022	-0.0208	0.3056	0.0174	-0.0944	0.3622	-0.1284	0.0476	0.3034	0.0201	0.2529	48.887	6.8774	82.3599
4	1.6311	0.328	-0.0569	1.5412	-0.1033	1.5701	0.2309	-0.42	0.0741	0.5598	-0.2723	-0.1434	-0.1697	0.1749	0.0374	0.4173	-0.1682	-0.034	0.3647	-0.0246	0.2861	60.9591	23.1676	82.7376
5	1.6277	-0.911	0.5753	1.8839	-0.7248	3.0596	0.0898	-0.116	-0.1488	0.2197	-0.0916	-0.2567	0.1823	0.1241	-0.0157	0.2178	-0.0721	-0.0268	0.2038	0.0075	0.3023	60.2159	9.0439	71.1919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 446 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 70 through 365 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 366 through 446 )

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