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- PDB-5oez: Crystal structure of Leishmania major fructose-1,6-bisphosphatase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oez
タイトルCrystal structure of Leishmania major fructose-1,6-bisphosphatase in apo form.
要素FBP protein
キーワードHYDROLASE / Allostery / Gluconeogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / glycosome / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / gluconeogenesis / nucleotide binding / metal ion binding ...sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / glycosome / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / gluconeogenesis / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
fructose-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Yuan, M. / Vasquez-Valdivieso, M.G. / McNae, I.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of Leishmania Fructose-1,6-Bisphosphatase Reveal Species-Specific Differences in the Mechanism of Allosteric Inhibition.
著者: Yuan, M. / Vasquez-Valdivieso, M.G. / McNae, I.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FBP protein
B: FBP protein
C: FBP protein
D: FBP protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,4904
ポリマ－155,4904
非ポリマー00
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area44230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.260, 162.560, 170.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA8 - 3378 - 337
21ARGARGBB8 - 3378 - 337
12ASPASPAA8 - 3368 - 336
22ASPASPCC8 - 3368 - 336
13ARGARGAA8 - 3378 - 337
23ARGARGDD8 - 3378 - 337
14ASPASPBB8 - 3368 - 336
24ASPASPCC8 - 3368 - 336
15ARGARGBB8 - 3378 - 337
25ARGARGDD8 - 3378 - 337
16ASPASPCC8 - 3368 - 336
26ASPASPDD8 - 3368 - 336

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
FBP protein


分子量: 38872.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: FBP, LMJF_04_1160
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O97193, fructose-bisphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 20% w/v PEG 3,350, 0.05 M citric acid, 0.05 M Bis-Tris propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→58.77 Å / Num. obs: 59755 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.41→2.496 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FBP

5fbp


解像度: 2.41→58.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 17.519 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22536 3019 5.1 %RANDOM
Rwork0.18699 ---
obs0.18886 56736 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.41→58.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9747 0 0 125 9872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.029551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.95813458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.473321948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20423.349430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.366151737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.381573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5793.6584978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.583.6584977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.6485.4816209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.6475.4826210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0824.4194974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.0814.424975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.0036.3277249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.45429.93710852
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.45829.92410843
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A363840.11
12B363840.11
21A364360.1
22C364360.1
31A359680.12
32D359680.12
41B362600.1
42C362600.1
51B354580.12
52D354580.12
61C355820.12
62D355820.12
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 224 -
Rwork0.267 4115 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25540.48850.31553.28090.77661.9507-0.0750.1144-0.1718-0.32330.0518-0.26040.02490.08380.02320.282-0.01870.03680.03760.00520.055525.03334.08212.116
21.70430.7405-0.45383.1749-0.35771.27690.0267-0.1299-0.13460.2118-0.01690.18760.05560.0308-0.00980.28650.0173-0.020.01150.01160.036821.45832.33646.531
32.3791.5760.47573.04320.47071.1969-0.0274-0.0837-0.05340.13460.0589-0.29640.00540.0704-0.03150.31160.03630.04230.01960.00040.07765.558-9.40542.158
41.48631.0455-0.38334.1237-0.56121.3532-0.33220.29990.1056-0.85550.33770.21680.1409-0.1487-0.00550.645-0.19150.05080.1554-0.01520.07462.151-4.2798.165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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