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万見
- PDB-5ofu: Crystal structure of Leishmania major fructose-1,6-bisphosphatase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ofu
タイトルCrystal structure of Leishmania major fructose-1,6-bisphosphatase in T-state.
要素FBP protein
キーワードTRANSFERASE / Allostery / Gluconeogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / glycosome / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / gluconeogenesis / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / fructose-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Yuan, M. / Vasquez-Valdivieso, M.G. / McNae, I.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of Leishmania Fructose-1,6-Bisphosphatase Reveal Species-Specific Differences in the Mechanism of Allosteric Inhibition.
著者: Yuan, M. / Vasquez-Valdivieso, M.G. / McNae, I.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2017年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FBP protein
B: FBP protein
C: FBP protein
D: FBP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,99014
ポリマ－155,4904
非ポリマー2,50010
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area43220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.590, 109.250, 140.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA7 - 3387 - 338
21ASNASNBB7 - 3387 - 338
12ARGARGAA7 - 3377 - 337
22ARGARGCC7 - 3377 - 337
13ASNASNAA7 - 3387 - 338
23ASNASNDD7 - 3387 - 338
14ARGARGBB7 - 3377 - 337
24ARGARGCC7 - 3377 - 337
15ASNASNBB7 - 3387 - 338
25ASNASNDD7 - 3387 - 338
16ARGARGCC7 - 3377 - 337
26ARGARGDD7 - 3377 - 337

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
FBP protein


分子量: 38872.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: FBP, LMJF_04_1160
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O97193, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 糖
ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19% w/v PEG 3,350, 5% glycerol, 79% well buffer (0.05 M citric acid, 0.05 M Bis-Tris propane)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→70.25 Å / Num. obs: 42513 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.62→2.714 Å / Rmerge(I) obs: 0.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FBP

5fbp


解像度: 2.62→70.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 25.146 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.291 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21634 2147 5.1 %RANDOM
Rwork0.18874 ---
obs0.19015 40367 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.87 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.06 Å2-0 Å2
3---1.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.62→70.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10007 0 158 114 10279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.029877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.97814049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.278322717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14951273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05823.379435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12151781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6741572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6033.3265119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5953.3265118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2054.9766383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2064.9776384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2713.7555255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.273.7555255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2455.4717667
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.63226.63811333
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.63426.62511324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A393900.05
12B393900.05
21A387480.07
22C387480.07
31A388700.07
32D388700.07
41B386420.06
42C386420.06
51B389840.07
52D389840.07
61C381480.08
62D381480.08
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.688 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 167 -
Rwork0.297 2916 -
obs--99.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.322-0.05-0.02040.15360.12580.8272-0.0576-0.051-0.0340.03330.02590.0530.04970.07520.03180.55850.02030.03160.0281-0.00230.0327-24.835-24.05917.272
20.2948-0.05370.26990.4716-0.09380.512-0.04890.1216-0.0045-0.04420.0460.04990.03230.03270.00290.5527-0.03510.0070.0836-0.00280.0145-33.051-16.953-13.434
30.2978-0.1407-0.38040.10450.27750.83880.05790.02320.0573-0.05290.0172-0.0162-0.13630.0624-0.07510.6349-0.04160.02910.02740.00440.0245-23.72625.63-3.806
40.5196-0.25510.0150.5056-0.42340.5649-0.1138-0.1993-0.07830.05760.15930.0356-0.1455-0.0477-0.04550.63070.02770.03050.09450.01660.0344-34.11719.27126.653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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