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- PDB-5oex: Complex with iodine ion for thiocyanate dehydrogenase from Thioal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oex
タイトルComplex with iodine ion for thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus
要素THIOCYANATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOCYANATE DEHYDROGENASE / COPPER CENTERS
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / IODIDE ION / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Tsallagov, S.I. / Tikhonova, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Fondation15-14-00063 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and characterization of a novel copper containing enzyme - THIOCYANATE DEHYDROGENASE.
著者: Tikhonova, T.V. / Sorokin, D.I. / Tsallagov, S.I. / Polyakov, K.M. / Trofimov, A.A. / Shabalin, I.G. / Khrenova, M.G. / Muyser, G. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年8月1日ID: 5F30
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
B: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
C: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
D: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,25832
ポリマ－206,8494
非ポリマー2,40928
水16,556919
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16850 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area54790 Å2
2
A: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
B: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,69017
ポリマ－103,4242
非ポリマー1,26615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area28440 Å2
手法PISA
3
C: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
D: THIOCYANATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,56715
ポリマ－103,4242
非ポリマー1,14313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.820, 159.450, 91.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
THIOCYANATE DEHYDROGENASE


分子量: 51712.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
遺伝子: THITH_13335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: W0DP94

-
非ポリマー , 6種, 947分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML PROTEIN, 25 MM BORATE BUFFER (PH 9.5). PRECIPITANT SOLUTION: 0.025 M AMMONIUM IODIDE, 20.0 % W/V PEG 3350. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 124180 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 9243 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.861 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F30

5f30
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.97 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19841 6102 4.9 %RANDOM
Rwork0.15573 ---
obs0.15784 118078 93.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å2-0.47 Å2
2---1.02 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14572 0 52 919 15543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01915082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0181.94220529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.32251869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27524.456671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.593152358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7461570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02111598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6521.9377474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3442.8959337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9082.1717608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.3679.20624141
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 403 -
Rwork0.261 8827 -
obs--94.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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