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- PDB-5oet: The structure of a glutathione synthetase like-effector (GSS30) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oet
タイトルThe structure of a glutathione synthetase like-effector (GSS30) from Globodera pallida in apoform.
要素Glutathione synthetase-like effector 30 (Gpa-GSS30-apo)
キーワードLIGASE / Plant-parasitic nematode / Effector / Glutathione synthetase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione synthase / glutathione synthase activity / glutathione binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione synthase, alpha-helical / Glutathione synthase, substrate-binding domain superfamily / Glutathione synthase, N-terminal, eukaryotic / Glutathione synthase, C-terminal, eukaryotic / Glutathione synthase / Eukaryotic glutathione synthase, ATP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Globodera pallida (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M014207/1 英国
引用ジャーナル: PLoS Genet. / : 2018
タイトル: Effector gene birth in plant parasitic nematodes: Neofunctionalization of a housekeeping glutathione synthetase gene.
著者: Lilley, C.J. / Maqbool, A. / Wu, D. / Yusup, H.B. / Jones, L.M. / Birch, P.R.J. / Banfield, M.J. / Urwin, P.E. / Eves-van den Akker, S.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glutathione synthetase-like effector 30 (Gpa-GSS30-apo)
A: Glutathione synthetase-like effector 30 (Gpa-GSS30-apo)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4253
ポリマ-119,4012
非ポリマー241
19811
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Obligate homo-dimer
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area35820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.750, 81.619, 93.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 34 - 525 / Label seq-ID: 34 - 525

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione synthetase-like effector 30 (Gpa-GSS30-apo) / GSH-S


分子量: 59700.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Globodera pallida (無脊椎動物) / Cell: Dorsal Gland Cell / プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: A0A183C5H8*PLUS, glutathione synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium formate di-hydrate and 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 32990 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.997 / Rrim(I) all: 1.097

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2data processing
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OEV
解像度: 2.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 34.947 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.721 / ESU R Free: 0.34
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2852 1661 4.9 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
obs0.2529 32399 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.63 Å2 / Biso mean: 56.711 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.78 Å2-0 Å2-0.9 Å2
2--4.67 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6693 0 1 11 6705
Biso mean--15.27 45.12 -
残基数----831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9619199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933314899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.97623.754317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.791151234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5811544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021408
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 26190 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.574→2.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.519 110 -
Rwork0.483 2361 -
all-2471 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85090.16770.66250.3088-0.07721.63820.0907-0.32390.03680.13320.0127-0.01340.07750.0448-0.10340.0991-0.00670.04770.1027-0.06830.130568.309681.552840.7749
21.6517-0.04110.20140.21470.11751.54720.05630.42920.0534-0.11440.04330.0339-0.0054-0.0962-0.09950.10170.01530.0420.18120.09790.123853.627182.209-2.3629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B34 - 525
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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