PDB-5oed: Human Rab32:GDP in complex with Salmonella GtgE C45A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oed

タイトル

Human Rab32:GDP in complex with Salmonella GtgE C45A mutant

要素

GtgE
Ras-related protein Rab-32

キーワード

HYDROLASE / Rab GTPase / Posttranslational Modification / Proteolysis / Salmonella Infection

機能・相同性

機能・相同性情報

BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / AP-1 adaptor complex binding / endosome to melanosome transport / melanosome assembly / phagosome maturation / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / RAB geranylgeranylation / GTP-dependent protein binding / melanosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wachtel, R. / Braeuning, B. / Mader, S.L. / Ecker, F. / Kaila, V.R.I. / Groll, M. / Itzen, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The protease GtgE from Salmonella exclusively targets inactive Rab GTPases.
著者: Wachtel, R. / Brauning, B. / Mader, S.L. / Ecker, F. / Kaila, V.R.I. / Groll, M. / Itzen, A.

履歴

登録	2017年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oed.cif.gz	230.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oed.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5oed_validation.pdf.gz	746.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oed_full_validation.pdf.gz	747.9 KB	表示
XML形式データ	5oed_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	5oed_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oed	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5oecSC 4cym 4mi7 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5es1-d 1sg6-2 2wjw-d 6ff8-d 4loj-d 6ija-1 6ws0-d 6s26-d 6a03-d 4qta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GtgE

B: Ras-related protein Rab-32

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.410, 67.410, 427.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	GtgE / Virulence protein 分子量: 26357.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌) 遺伝子: gtgE, IN36_21720, IN69_16745, IN77_18825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6EAT3
#2: タンパク質	Ras-related protein Rab-32 分子量: 20901.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13637
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Imidazole, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 13564 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OEC

5oec

解像度: 2.9→14.997 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	1343	9.97 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2047	13425	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.997 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2906	0	29	13	2948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.527	4066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.933	1773
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	517

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9588	0.345	144	0.3427	1255	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9588-3.0226	0.3487	139	0.3037	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0226-3.0923	0.3096	145	0.2691	1261	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0923-3.169	0.2876	136	0.2683	1235	X-RAY DIFFRACTION	98
3.169-3.2538	0.2984	141	0.2857	1255	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2538-3.3485	0.3119	136	0.2642	1259	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3485-3.4553	0.278	134	0.2265	1217	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4553-3.5772	0.2201	131	0.2237	1213	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5772-3.7184	0.2441	139	0.2139	1249	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7184-3.8848	0.266	133	0.2075	1236	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8848-4.0857	0.2429	141	0.1973	1233	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0857-4.3358	0.1932	132	0.1682	1263	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3358-4.6613	0.1806	136	0.1533	1189	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6613-5.1134	0.2119	137	0.1554	1249	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1134-5.8152	0.2275	142	0.1835	1243	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8152-7.1896	0.2571	133	0.2137	1216	X-RAY DIFFRACTION	96
7.1896-14.9968	0.2247	131	0.1667	1232	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3505	0.1213	2.3176	1.4156	1.0899	5.0591	-0.1077	-0.6161	-0.1802	0.2774	-0.2174	0.202	0.8928	-1.2105	-0.1332	0.5096	-0.0437	0.0195	0.8871	-0.1529	0.6972	14.6629	-31.0671	20.2162
2	3.1383	2.4949	2.4804	5.9348	2.5985	2.049	0.6917	-0.7904	0.4092	1.2616	-0.6053	-0.1966	0.4688	-0.997	-0.4673	0.6209	-0.1595	0.1189	1.3573	-0.1237	0.7558	9.5922	-29.7763	30.2589
3	3.2596	1.4895	2.8418	4.5981	-0.4674	3.2654	0.2347	0.6713	0.3738	0.1579	0.3236	1.0112	-0.8028	-1.4503	0.13	0.6218	-0.0058	0.0701	1.2147	-0.0987	1.0265	3.7149	-21.3803	16.114
4	3.3885	0.0029	1.2476	3.5041	0.2855	4.6072	-0.1865	-0.246	0.8674	0.3009	0.0636	0.0835	-0.5942	0.2111	-0.023	0.5417	0.1305	0.0052	0.8621	-0.2142	0.5504	26.2263	-15.2509	24.2305
5	2.7239	-0.281	1.3218	1.3271	-0.0687	3.1697	0.1809	0.5677	-0.3651	0.0554	0.028	-0.247	0.5854	0.4554	0.0347	0.3687	0.1362	-0.0567	0.7897	-0.235	0.7132	28.9433	-26.2896	19.8734
6	5.1246	3.7694	-0.2775	3.3897	-2.2018	6.5898	0.5199	1.421	2.3836	-0.0935	0.0701	0.4055	-2.4729	0.3162	0.3791	0.9105	-0.0307	-0.1822	1.2335	0.1382	1.0472	24.3752	-9.9846	14.013
7	4.8365	1.2158	2.7457	4.5391	0.7056	5.694	-0.1584	-0.5964	-0.2387	1.0859	0.2211	-0.5747	0.5493	-1.0516	-0.1581	0.5393	0.1497	-0.0553	0.9583	-0.2799	0.7452	25.3453	-24.9566	35.9028
8	3.0585	0.559	-0.6853	2.5194	1.4026	2.2326	-0.1507	0.1014	-0.0531	-0.3088	0.3558	0.5296	-0.2348	0.3434	-0.0811	0.3323	-0.0125	-0.0229	1.1263	-0.1457	0.6388	15.6594	-24.8774	-2.3982
9	3.3061	-1.3576	-1.5905	1.0792	-0.412	3.2826	0.6287	0.833	0.0702	-0.7145	-0.3121	0.439	-1.1693	-0.0336	-0.3059	0.8146	0.1671	0.0474	1.4416	-0.1659	1.0151	7.1132	-13.1073	4.1837
10	2.0037	-0.0403	-0.7728	2.6595	-1.2756	1.2962	-0.2628	0.2664	-0.386	-0.6594	0.1277	0.7293	0.2589	0.0326	0.066	0.2964	0.0857	-0.041	0.9143	-0.1575	0.7259	12.9545	-32.2059	0.4528
11	3.2371	0.7795	-3.9492	1.5752	-3.4085	9.19	0.6308	-0.1078	0.7326	0.6666	0.482	-0.3534	-0.9663	0.1849	0.1384	0.5404	-0.2071	-0.0027	1.2325	-0.2988	0.9635	27.9684	-15.2282	1.8965
12	4.4836	0.4862	-1.3806	1.8387	1.6824	2.2987	0.0341	-0.1254	-0.6231	0.0646	0.7055	-0.1853	-0.2839	0.9301	0.0928	0.3257	-0.0147	0.1264	1.1692	-0.1164	0.5574	25.2261	-24.2644	-2.3014
13	3.4752	-0.8527	-2.0912	1.9469	0.6911	3.2276	-0.3891	0.9783	0.7184	-1.1067	0.9557	1.0001	-1.5047	0.4251	-0.5656	1.2921	-0.1742	0.2289	1.2601	0.114	1.0836	23.4792	-9.3035	-13.8308
14	2.3195	-1.583	0.2449	4.5105	2.4612	2.0598	-0.2535	-0.6812	-0.459	-0.8039	0.82	-0.2601	-0.3348	0.4148	0.1113	0.5268	-0.0757	-0.0023	1.6021	-0.2428	0.7633	31.7351	-26.0649	-7.478
15	4.104	-0.7657	-0.6603	3.2891	0.9485	1.5864	0.5725	0.7899	0.1002	0.1223	0.5699	-0.255	-0.2266	0.2067	0.6385	0.4922	0.0818	0.0252	1.3018	-0.0021	0.3189	18.8121	-18.5392	-17.5288
16	2.4078	-1.0159	-0.5703	2.6001	0.8244	3.8177	0.4149	0.9547	0.3645	-0.3761	-0.2568	0.1861	-0.7465	-0.5648	-0.1787	0.646	-0.028	0.0603	1.3159	0.0646	0.9193	17.6801	-20.6146	-16.2504
17	2.683	-1.1033	-0.0268	0.6314	-0.3251	0.8422	0.0071	0.6929	-0.8157	-0.3335	0.342	0.0345	0.0899	-0.5119	1.5495	0.3231	-0.1716	0.0362	1.4476	-0.3771	0.8359	15.8015	-32.05	-11.2977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 118 through 191 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 192 through 203 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 204 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 21 through 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 57 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 58 through 81 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 82 through 92 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 93 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 116 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 117 through 136 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 137 through 160 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 161 through 180 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 181 through 195 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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