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- PDB-5oe0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-181 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oe0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-181
要素Beta-lactamase
キーワードANTIBIOTIC / antibiotic resistance / oxacillinase / OXA-48-like / carbapenemase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05000841209 Å
データ登録者Lund, B.A. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S. / Thomassen, A.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure, activity and thermostability investigations of OXA-163, OXA-181 and OXA-245 using biochemical analysis, crystal structures and differential scanning calorimetry analysis.
著者: Lund, B.A. / Thomassen, A.M. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9194
ポリマ－60,7872
非ポリマー1322
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, The homolog OXA-48 form dimers in solution, supported by SEC. Our DSC results with OXA-181 and OXA-48 indicate that OXA-181 is also a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.927, 143.927, 53.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 24 - 265 / Label seq-ID: 24 - 265

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and ((resid 24 and (name N or name...AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30393.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA-181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G5CKK8, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2M Ammonium sulfate 20.5 % PEG MME 5000
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→35.98175 Å / Num. obs: 40027 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 29.6502174613 Å2 / Rrim(I) all: 0.08461 / Net I/σ(I): 13.19
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. measured obs: 26225 / Num. unique obs: 3911 / Rrim(I) all: 0.8693 / % possible all: 99.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dtk

5dtk


解像度: 2.05000841209→35.98175 Å / SU ML: 0.300132202378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34986800148 / 位相誤差: 28.5063987825
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242015913009 1971 4.94517901498 %Random selection
Rwork0.201511357357 ---
obs0.203524764137 39857 99.5752866815 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.7569216215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05000841209→35.98175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 6 476 4438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002759367172514058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5368568315895493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432579851114576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00308736927255707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.31868767252383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10130.4251011791111320.3547010560252677X-RAY DIFFRACTION99.1178546224
2.1013-2.15810.3552610173591260.3267817598522670X-RAY DIFFRACTION99.2193044713
2.1581-2.22160.3539395466671290.3010844702962719X-RAY DIFFRACTION99.3719469644
2.2216-2.29330.3177977099951170.304710707452680X-RAY DIFFRACTION99.1843971631
2.2933-2.37520.2675664571811290.2630623430322689X-RAY DIFFRACTION99.4705259442
2.3752-2.47030.3052281832711330.2509970652282711X-RAY DIFFRACTION99.5449772489
2.4703-2.58270.2757749329071460.2367618255552679X-RAY DIFFRACTION99.5770179767
2.5827-2.71880.2645023344651730.2354886830112666X-RAY DIFFRACTION99.7190024587
2.7188-2.88910.2861374771871280.2110074496162727X-RAY DIFFRACTION99.5814440181
2.8891-3.1120.2414414208941550.2154334862552680X-RAY DIFFRACTION99.7888067582
3.112-3.4250.225158060071430.1761922817722713X-RAY DIFFRACTION99.8252359315
3.425-3.92010.2252818611621500.1544054948192725X-RAY DIFFRACTION99.9652294854
3.9201-4.93690.1710968531171830.1355000583592714X-RAY DIFFRACTION100
4.9369-35.98730.2119886756881270.173024981942836X-RAY DIFFRACTION99.7979117548
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.580574998010.0250774924038-0.07206461437652.274218526830.07388347625870.9827600020790.001444225428480.06117266045970.01191776708110.0695957425268-0.06705350123220.3850925242480.0694883173563-0.06504455725890.05487731779440.222313878732-0.02858289104790.009349363476460.2291147509780.03001131583680.275177522131-51.104029094140.737402583914.4485324437
22.577905600350.633170183253-0.1236470391241.96917963759-0.08873045030381.325156281230.0773986175145-0.228209424432-0.3632837578380.202685272066-0.0469357228836-0.411384006070.09351381478440.106293669475-0.01284313327450.2084707409310.00593204079326-0.06762230179610.1968491143020.03577678928140.28924255338-18.629393943739.366893898417.5150099346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 24 through 265)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 24 through 265)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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