PDB-5odu: PllA lectin, monosaccharide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5odu

タイトル

PllA lectin, monosaccharide complex

要素

PllA

ポリ乳酸

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

PllA (ポリ乳酸) /

Complex /

Lectin (レクチン) /

CARBOHYDRATE (炭水化物)

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Photorhabdus luminescens lectin A (PllA): A new probe for detecting alpha-galactoside-terminating glycoconjugates.
著者: Beshr, G. / Sikandar, A. / Jemiller, E.M. / Klymiuk, N. / Hauck, D. / Wagner, S. / Wolf, E. / Koehnke, J. / Titz, A.

履歴

登録	2017年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5odu.cif.gz	400.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5odu.ent.gz	329.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5odu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ofiC 5ofxC 5ofzC 1l7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zt7-1 6p5v-d 4c8z-d 4daf-2 2dwy-d 4owr-d 5ofi-1 5b4d-d 6cml-1 5j58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PllA

B: PllA

C: PllA

D: PllA

E: PllA

F: PllA

G: PllA

H: PllA

ヘテロ分子

106 kDa, 8 ポリマー
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1

F: PllA

G: PllA

ヘテロ分子

A: PllA

C: PllA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 4 ポリマー
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2

A: PllA

C: PllA

ヘテロ分子

F: PllA

G: PllA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 4 ポリマー
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3

E: PllA

ヘテロ分子

B: PllA

D: PllA

H: PllA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 4 ポリマー
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4

B: PllA

D: PllA

H: PllA

ヘテロ分子

E: PllA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.904, 103.342, 76.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

PllA /

ポリ乳酸

分子量: 12969.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: plu2096 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N561

#2: 糖

ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルα-D-ガラクトピラノシド /

Methyl-α-D-galactose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium acetate,0.1M BIS-Tris ph 5.5, 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→51.67 Å / Num. all: 597157 / Num. obs: 133175 / % possible obs: 96.18 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.09883 / R_pim(I) all: 0.05232 / R_rim(I) all: 0.1121 / Net I/σ(I): 11.19
反射シェル	解像度: 1.56→1.616 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. measured obs: 60933 / Num. unique obs: 13311 / R_pim(I) all: 0.6619 / R_rim(I) all: 1.427 / % possible all: 95.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L7L

1l7l

解像度: 1.56→51.671 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	6492	4.9 %
R_work	0.1984	-	-
obs	0.1999	132564	96.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→51.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7264	0	112	1263	8639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.575	10304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.017	4392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5596-1.5774	0.3389	205	0.3538	4117	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5774-1.5959	0.3699	196	0.3501	4165	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5959-1.6154	0.3623	202	0.3502	4228	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6154-1.6358	0.3744	220	0.3418	4152	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6358-1.6574	0.3464	201	0.337	4257	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6574-1.6801	0.3954	209	0.3339	4173	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6801-1.7041	0.3664	225	0.3289	4201	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7041-1.7295	0.3623	200	0.3058	4229	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7295-1.7565	0.3315	261	0.2956	4181	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7565-1.7853	0.3239	233	0.2744	4223	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7853-1.8161	0.3139	206	0.2705	4206	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8161-1.8491	0.3216	212	0.253	4293	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8491-1.8847	0.2875	204	0.2405	4235	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8847-1.9232	0.294	218	0.2291	4221	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9232-1.965	0.2664	198	0.218	4280	X-RAY DIFFRACTION	97
1.965-2.0107	0.2508	209	0.212	4248	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0107-2.061	0.2283	207	0.1916	4254	X-RAY DIFFRACTION	97
2.061-2.1167	0.2209	227	0.1821	4228	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1167-2.179	0.2176	215	0.1746	4251	X-RAY DIFFRACTION	97
2.179-2.2493	0.2048	207	0.1739	4213	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2493-2.3297	0.2319	186	0.1741	4130	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3297-2.423	0.2291	169	0.1807	3616	X-RAY DIFFRACTION	82
2.423-2.5333	0.2283	185	0.1724	3509	X-RAY DIFFRACTION	80
2.5333-2.6668	0.2057	229	0.1757	4280	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6668-2.8339	0.204	227	0.1706	4333	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8339-3.0527	0.2087	264	0.1685	4322	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0527-3.3599	0.1944	209	0.1636	4392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3599-3.8459	0.1786	272	0.1559	4336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8459-4.8449	0.1555	240	0.1468	4398	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8449-51.6994	0.1872	256	0.1842	4401	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.061	0.0945	0.0906	0.1477	0.1477	0.1472	-0.1023	-0.133	-0.0461	-0.0255	-0.0616	0.1225	-0.0277	0.027	-0.0597	0.1132	0.0193	0.0729	0.1912	0.0658	0.1927	-33.529	-6.3598	-21.4611
2	0.0129	-0.0087	-0.011	0.0028	0.0073	0.0062	0.0457	0.0431	0.0634	0.1368	-0.0854	0.1131	-0.0579	-0.1139	-0.0224	0.1694	0.051	0.0908	0.152	0.067	0.2609	-33.5215	4.2751	-23.4226
3	0.2674	-0.0393	-0.1517	0.5177	-0.1011	0.111	0.0753	0.1404	0.1055	0.0738	0.0248	0.0496	-0.0675	-0.0988	0.1879	0.1052	0.0277	0.0276	0.144	0.0459	0.1378	-25.8534	-0.6223	-32.2482
4	0.0168	0.0039	0.0059	-0.0008	0.0015	0.0128	0.0894	0.1788	0.2287	0.1266	0.0312	-0.0483	-0.2196	-0.0291	0.0181	0.1959	0.0098	0.0197	0.0635	0.0088	0.2021	-22.2021	3.9855	-21.1341
5	0.2217	-0.0103	-0.0322	0.4319	0.1112	0.085	0.0459	0.1243	0.0923	0.1633	-0.0211	0.0035	-0.0263	-0.0775	0.0821	0.1113	0.0199	0.0246	0.0976	0.0357	0.1334	-26.5086	-1.2065	-24.1899
6	0.0038	0.0056	-0.0003	0.0095	-0.0109	0.0072	0.0386	-0.0688	0.0312	0.0905	0.0524	-0.0583	-0.123	-0.0005	0.0101	0.2712	-0.0229	-0.0278	0.1065	0.0106	0.1543	-14.9527	-9.3407	-3.4263
7	0.0105	0.0013	0.018	0.0308	0.0053	0.0148	0.0217	-0.0733	0.1689	0.0649	-0.0169	-0.2193	-0.1765	0.1667	0.0001	0.1743	-0.0329	-0.004	0.1468	-0.0121	0.1533	-46.5404	5.7682	-61.5232
8	0.1672	0.0496	-0.1956	0.1135	0.0717	0.2428	0.0328	-0.0537	0.0039	-0.0802	0.0456	0.0191	-0.0235	0.016	0.0884	0.119	-0.005	-0.0053	0.0703	0.0125	0.1254	-55.273	1.1612	-69.1798
9	0.0056	-0.0021	0.0025	0.0096	0.0047	0.0121	0.0013	0.073	-0.0413	-0.1047	0.0179	-0.0052	-0.029	0.1846	0	0.1336	0.0151	0.0024	0.1339	-0.0104	0.1447	-46.1287	-6.1957	-64.685
10	0.1851	-0.1716	-0.0137	0.0067	-0.011	0.1514	0.0154	-0.089	0.0048	-0.0288	0.0275	-0.0192	-0.0192	0.1485	0.0298	0.1154	-0.0036	0.0059	0.1078	0.0151	0.1228	-50.337	-0.3292	-62.9114
11	0.0088	0.0104	-0.0086	0.0045	-0.0061	0.0052	0.0809	-0.0904	0.091	-0.0287	0.0142	-0.0934	0.0285	0.0912	-0	0.173	0.0044	-0.0239	0.1983	0.027	0.145	-46.5635	-15.629	-43.0224
12	0.0146	0.0003	-0.0141	0.0515	0.0092	0.0308	-0.0607	-0.1354	-0.1086	-0.0669	-0.0347	-0.0851	0.0056	0.0119	-0.0011	0.1032	0.0152	0.0076	0.2121	0.0194	0.1789	-12.5979	-18.1669	-32.0688
13	0.001	-0.0061	-0.0017	0.0014	-0.0049	0.0039	0.0432	0.1049	-0.1473	-0.1035	0.0066	-0.1187	0.1272	0.036	-0	0.1543	0.0148	0.0171	0.199	-0.0344	0.1859	-15.2307	-23.2897	-41.149
14	0.0045	0.0017	-0.0006	0.0045	-0.0116	0.0124	0.0565	0.07	-0.046	0.0434	-0.0418	0.1024	0.1043	0.0283	0.0007	0.2258	0.0204	0.0021	0.1152	-0.0244	0.1869	-19.2264	-30.783	-24.4357
15	0.0188	-0.0036	0.0076	0.3648	0.0274	0.0196	0.0612	0.2165	-0.0165	0.1211	-0.0002	0.0473	0.0212	-0.1269	-0.007	0.0388	-0.0001	-0.0007	0.172	0.0234	0.0935	-21.7578	-11.3948	-40.4798
16	0.0388	-0.0196	-0.0284	0.0288	0.0075	0.0199	0.0152	0.1793	0.014	0.0391	0.0419	0.1177	0.0003	-0.2239	0.0006	0.0951	-0.0032	-0.0062	0.2265	0.0117	0.1294	-28.9922	-11.8647	-44.0496
17	0.0118	-0.0023	-0.0123	0.008	-0.0058	0.0108	0.0989	0.1882	-0.0239	-0.0021	-0.0093	0.0243	0.1849	-0.0052	0.0104	0.1519	-0.0287	-0.0058	0.1385	-0.05	0.1648	-24.7984	-26.7941	-35.4451
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50	0.0119	0.0196	0.0089	-0.003	-0.006	0.0125	0.0033	-0.0177	0.0806	-0.1537	-0.1114	-0.175	0.1208	-0.0371	0.0002	0.3315	0.0327	-0.0916	0.131	-0.0156	0.1833	-55.6058	-14.8244	-56.2717

精密化 TLSグループ

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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 20 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 122 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 19 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 20 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 64 through 74 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 75 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 9 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 10 through 19 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 20 through 26 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 27 through 43 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 44 through 63 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 64 through 74 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 75 through 106 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 107 through 116 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 117 through 122 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 2 through 9 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 10 through 26 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 27 through 43 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 44 through 63 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 64 through 74 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 75 through 116 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 117 through 122 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 2 through 19 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 20 through 26 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 27 through 63 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 64 through 74 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 75 through 116 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 117 through 122 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 2 through 19 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 20 through 26 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 27 through 63 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 64 through 74 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 75 through 116 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 117 through 122 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 2 through 19 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 20 through 63 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 64 through 74 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 75 through 116 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 117 through 122 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 2 through 19 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 20 through 63 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 64 through 74 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 75 through 106 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 107 through 116 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 117 through 122 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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