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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ofi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | PllA lectin, Fluorophore carbohydrate complex | ||||||
Components | PIIA | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / PIIA / Complex / Lectin | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Photorhabdus luminescens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017Title: Photorhabdus luminescens lectin A (PllA): A new probe for detecting alpha-galactoside-terminating glycoconjugates. Authors: Beshr, G. / Sikandar, A. / Jemiller, E.M. / Klymiuk, N. / Hauck, D. / Wagner, S. / Wolf, E. / Koehnke, J. / Titz, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ofi.cif.gz | 400.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ofi.ent.gz | 330.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ofi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ofi_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ofi_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 5ofi_validation.xml.gz | 49.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ofi_validation.cif.gz | 68 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5ofi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5ofi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5oduC ![]() 5ofxC ![]() 5ofzC ![]() 1l7lS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 12969.544 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus luminescens (bacteria) / Gene: plu2096 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-9TQ / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.99 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.15 M DL-Malic acid, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.976251 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 7, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.976251 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→48.56 Å / Num. obs: 65944 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 43402 / Num. unique all: 9603 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.477 / % possible all: 97.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1L7L Resolution: 2→45.671 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.79 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→45.671 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Photorhabdus luminescens (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
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