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- PDB-5ocs: Ene-reductase (ER/OYE) from Ralstonia (Cupriavidus) metallidurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocs
タイトルEne-reductase (ER/OYE) from Ralstonia (Cupriavidus) metallidurans
要素Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
キーワードFLAVOPROTEIN / Old Yellow Enzyme / Ene-reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH-depentdent flavin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Opperman, D.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural investigation into the C-terminal extension of the ene-reductase from Ralstonia (Cupriavidus) metallidurans.
著者: Opperman, D.J.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
B: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
C: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
D: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,18110
ポリマ－160,7664
非ポリマー1,4156
水21,3481185
1
D: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子

C: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0915
ポリマ－80,3832
非ポリマー7083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
2
A: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
B: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0915
ポリマ－80,3832
非ポリマー7083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
3
C: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子

D: Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0915
ポリマ－80,3832
非ポリマー7083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.970, 95.040, 208.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative NADH-depentdent flavin oxidoreductase / Ene-reductase / Old Yellow Enzyme


分子量: 40191.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
遺伝子: Rmet_4859 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q1LDQ5, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.54 Å / Num. obs: 165966 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.736.90.4860.9410.1960.52597
9.31-35.546.30.0320.9990.0140.03597.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GR7

3gr7


解像度: 1.7→35.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.982 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1969 8226 5 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.1707 157658 97.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.01 Å2 / Biso mean: 14.154 Å2 / Biso min: 5.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11288 0 96 1185 12569
Biso mean--14.74 19.94 -
残基数----1480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01911721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0211083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.95115976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98325422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06651488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83623.231520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.097151774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9211594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02113551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022747
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 578 -
Rwork0.21 11512 -
all-12090 -
obs--97.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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