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- PDB-3uq9: Adenosine kinase from Schistosoma mansoni in complex with tubercidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uq9
タイトルAdenosine kinase from Schistosoma mansoni in complex with tubercidin
要素Adenosine kinase, putative
キーワードTRANSFERASE / ribokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine kinase / adenosine kinase activity / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TBN / : / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.343 Å
データ登録者Romanello, L. / Cassago, A. / Bachega, F.R. / Garatt, R.C. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Adenosine kinase from Schistosoma mansoni: structural basis for the differential incorporation of nucleoside analogues.
著者: Romanello, L. / Bachega, J.F. / Cassago, A. / Brandao-Neto, J. / Demarco, R. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.
履歴
登録2011年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase, putative
B: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0897
ポリマ－83,2192
非ポリマー8705
水5,837324
1
A: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1784
ポリマ－41,6101
非ポリマー5683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9113
ポリマ－41,6101
非ポリマー3022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.556, 180.509, 78.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase, putative


分子量: 41609.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 37oC
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Adenosine kinase, Smp_008360 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: C4PZB4, UniProt: G4V7G8*PLUS, adenosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-TBN / '2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 7-DEAZAADENOSINE


分子量: 266.253 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Bis-tris pH 6.1-6.7, 200mM LiSO4, 16-20% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.1-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→20 Å / Num. all: 36510 / Num. obs: 35262 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.82
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.34-2.480.3522.38188.2
2.48-2.650.2523.6197.5
2.65-2.860.1935.11199.5
2.86-3.130.147.33199.7
3.13-3.480.08312.41199.6
3.48-40.0519.36198.7
4-4.850.03426.21198.3
4.85-6.660.03525.74197.5
6.660.02433.47188

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.343→19.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1764 5.01 %
Rwork0.1713 --
obs0.1741 35239 96.79 %
all-36510 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.7556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6486 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.9689 Å2-0 Å2
3----4.6515 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.343→19.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5305 0 59 324 5688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7847405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4571948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3428-2.40610.3121130.22652145X-RAY DIFFRACTION82
2.4061-2.47670.27271300.21732462X-RAY DIFFRACTION94
2.4767-2.55650.24691320.20432513X-RAY DIFFRACTION96
2.5565-2.64770.2661350.19992563X-RAY DIFFRACTION98
2.6477-2.75340.26161390.18972621X-RAY DIFFRACTION99
2.7534-2.87840.25251370.19632611X-RAY DIFFRACTION100
2.8784-3.02960.23641400.19682654X-RAY DIFFRACTION100
3.0296-3.21860.25831370.18852606X-RAY DIFFRACTION100
3.2186-3.46590.2211400.16712649X-RAY DIFFRACTION100
3.4659-3.81240.2291390.15622646X-RAY DIFFRACTION99
3.8124-4.35880.1751390.14392641X-RAY DIFFRACTION98
4.3588-5.47190.19351410.13372676X-RAY DIFFRACTION98
5.4719-19.63870.20611420.16852688X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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