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Yorodumi- PDB-3gr7: Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, hexagonal crystal form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gr7 | ||||||
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Title | Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, hexagonal crystal form | ||||||
Components | NADPH dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FLAVIN / FMN / BETA-ALPHA-BARREL / Flavoprotein / NADP | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / response to toxic substance / FMN binding / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus kaustophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Uhl, M.K. / Gruber, K. | ||||||
Citation | Journal: ADV.SYNTH.CATAL. / Year: 2011 Title: Old Yellow Enzyme-Catalyzed Dehydrogenation of Saturated Ketones Authors: Schittmayer, M. / Zach, S. / Winkler, M. / Winkler, A. / Macheroux, P. / Uhl, M.K. / Gruber, K. / Kambourakis, S. / Rozzell, D. / Glieder, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3gr7.cif.gz | 154.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3gr7.ent.gz | 120.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3gr7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3gr7_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3gr7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3gr7_validation.xml.gz | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3gr7_validation.cif.gz | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3gr8C 1z41S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37725.824 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus kaustophilus (bacteria) / Gene: namA / Plasmid: pEamTA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5a / References: UniProt: Q5KXG9, NADPH dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.3 Details: 50mM Bis-Tris, 50mM ammonium sulfate, 30% v/v pentaerythritole ethoxylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.54178 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 17, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 35123 / Num. obs: 35123 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 27.618 Å2 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 18.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Redundancy: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1z41 Resolution: 2.3→28.488 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.869 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 57.939 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.87 Å2 / Biso mean: 29.76 Å2 / Biso min: 15.29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→28.488 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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