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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z42 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized YqjM from Bacillus subtilis complexed with p-hydroxybenzaldehyde | ||||||
![]() | Probable NADH-dependent flavin oxidoreductase yqjM | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / flavin / FMN / p-hydroxybenzaldehyde / beta-alpha-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / response to toxic substance / FMN binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kitzing, K. / Fitzpatrick, T.B. / Wilken, C. / Sawa, J. / Bourenkov, G.P. / Macheroux, P. / Clausen, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.3 A Crystal Structure of the Flavoprotein YqjM Reveals a Novel Class of Old Yellow Enzymes 著者: Kitzing, K. / Fitzpatrick, T.B. / Wilken, C. / Sawa, J. / Bourenkov, G.P. / Macheroux, P. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -x, y, -z+0.5 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38146.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris/HCl, PEG 3500, lithium sulfate, strontium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→10 Å / Num. all: 180405 / Num. obs: 66570 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.71 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.65 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3211 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 94.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
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拘束条件 |
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