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- PDB-5och: The crystal structure of human ABCB8 in an outward-facing state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5och
タイトルThe crystal structure of human ABCB8 in an outward-facing state
要素(ATP-binding cassette sub-family B member 8, ...) x 5
キーワードHYDROLASE / Membrane protein / ATP binding / ATP binding cassette / half transporter / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial ATP-gated potassium channel complex / mitochondrial potassium ion transmembrane transport / ABC-type peptide transporter activity / Mitochondrial ABC transporters / cell volume homeostasis / potassium ion transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / mitochondrial membrane / transmembrane transport / mitochondrial inner membrane ...mitochondrial ATP-gated potassium channel complex / mitochondrial potassium ion transmembrane transport / ABC-type peptide transporter activity / Mitochondrial ABC transporters / cell volume homeostasis / potassium ion transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / mitochondrial membrane / transmembrane transport / mitochondrial inner membrane / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Mitochondrial potassium channel ATP-binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Faust, B. / Pike, A.C.W. / Shintre, C.A. / Quiqley, A.M. / Chu, A. / Barr, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S. / Borkowska, O. / Chalk, R. ...Faust, B. / Pike, A.C.W. / Shintre, C.A. / Quiqley, A.M. / Chu, A. / Barr, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of human ABCB8 in an outward-facing state
著者: Faust, B. / Pike, A.C.W. / Shintre, C.A. / Quiqley, A.M. / Chu, A. / Barr, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, ...著者: Faust, B. / Pike, A.C.W. / Shintre, C.A. / Quiqley, A.M. / Chu, A. / Barr, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
B: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
C: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
D: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
E: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
F: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
G: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
H: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,51731
ポリマ－532,4988
非ポリマー7,01923
水00
1
A: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
B: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0158
ポリマ－133,1392
非ポリマー1,8766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13300 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area48040 Å2
手法PISA
2
C: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
D: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,4717
ポリマ－133,0822
非ポリマー1,3905
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area49130 Å2
手法PISA
3
E: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
F: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0728
ポリマ－133,1962
非ポリマー1,8766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12910 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area48580 Å2
手法PISA
4
G: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
H: ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9588
ポリマ－133,0822
非ポリマー1,8766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area48880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.080, 98.500, 214.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
ATP-binding cassette sub-family B member 8, ... , 5種, 8分子 ACDBEFGH

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial / Mitochondrial ATP-binding cassette 1 / M-ABC1


分子量: 66540.805 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 111-714 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was alkylated with iodoacetamide prior to crystallisation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB8, MABC1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NUT2
#2: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial / Mitochondrial ATP-binding cassette 1 / M-ABC1


分子量: 66597.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-714 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB8, MABC1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NUT2
#3: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial / Mitochondrial ATP-binding cassette 1 / M-ABC1


分子量: 66597.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-714 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB8, MABC1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NUT2
#4: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial / Mitochondrial ATP-binding cassette 1 / M-ABC1


分子量: 66597.859 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 111-714 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB8, MABC1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NUT2
#5: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 8, mitochondrial / Mitochondrial ATP-binding cassette 1 / M-ABC1


分子量: 66483.750 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-714 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB8, MABC1 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NUT2

-
非ポリマー , 3種, 23分子

#6: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 -- 18% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→72.61 Å / Num. obs: 104497 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 122.428 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 7.3 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 5020 / CC1/2: 0.078 / Rpim(I) all: 2.984 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZDQ

3zdq


解像度: 3.4→72.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8701 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.667
詳細: DATA WERE ANISOTROPICALLY TRUNCATED TO 3.4A PRIOR TO REFINEMENT USING STARANISO SERVER. ANISOTROPIC CUTOFFS WERE 5.14A, 5.44A and 3.4A RESPECTIVELY. DATA COMPLETENESS DROPS OFF MARKEDLY ABOVE ...詳細: DATA WERE ANISOTROPICALLY TRUNCATED TO 3.4A PRIOR TO REFINEMENT USING STARANISO SERVER. ANISOTROPIC CUTOFFS WERE 5.14A, 5.44A and 3.4A RESPECTIVELY. DATA COMPLETENESS DROPS OFF MARKEDLY ABOVE 4A RESOLUTION BUT THIS APPROACH RESULTED IN IMPROVED MAP QUALITY. AFTER TRUNCATION CC1/2 IN HIGH RESOLUTION SHELL WAS 0.5485. A SINGLE TLS GROUP PER PROTEIN CHAIN WAS USED. MAPS WERE SHARPENED IN COOT USING A -100A**2 FOR MODEL BUILDING. BOTH TRUNCATED AND UNTRUNCATED SF DATA ARE PRESENT IN ASSOCIATED SF FILE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3147 4.85 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.232 64839 61.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 137.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.699 Å20 Å21.6687 Å2
2---2.3786 Å20 Å2
3----0.3204 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.604 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→72.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30741 0 427 0 31168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00831763HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9343389HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14148SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes516HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5106HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it31763HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4479SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact34689SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 49 4.79 %
Rwork0.2512 975 -
all0.252 1024 -
obs--13.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69290.2033-0.20190.8117-1.30416.00060.264-0.31750.14190.2395-0.0761-0.2351-0.4290.8467-0.1879-0.2138-0.0547-0.1368-0.2227-0.0908-0.309202.539715.4878458.8279
22.41240.10350.90750.4647-0.04652.88640.1397-0.4402-0.09770.2256-0.0059-0.053-0.12390.069-0.1338-0.2316-0.0297-0.0692-0.45110.0334-0.2746183.67734.8783461.5504
31.08780.10960.7020.8864-0.92396.30330.06540.07930.296-0.04940.0231-0.5201-0.76821.0221-0.0885-0.1682-0.23970.18120.5279-0.21790.4528247.417357.8419430.7735
42.102-0.31261.99160.7117-0.24143.65670.2494-0.12870.24940.03780.0057-0.4069-0.10140.348-0.255-0.2806-0.10530.0768-0.0589-0.1360.034227.556749.1382434.9953
52.18090.1445-0.93980.9583-1.3566.44390.0752-0.75340.1248-0.0780.0326-0.28441.0341.0837-0.10780.31220.0033-0.05220.059-0.105-0.264156.888345.6614504.2873
62.82980.3532-2.97020.492-0.90524.58060.1985-0.52220.39320.06060.10120.10950.02210.2841-0.29970.0534-0.2524-0.003-0.3461-0.11-0.2424136.871453.8691502.8126
72.3580.103-2.17550.55780.36635.57060.33650.22530.04320.03040.02490.0627-0.1005-0.1528-0.36130.08030.11120.1044-0.35080.06810.0483260.286149.1933539.821
81.6047-0.0705-0.31331.20170.89455.26790.20250.3575-0.23180.0525-0.22470.42760.7687-0.89750.02220.0547-0.02450.12110.2752-0.01610.0818241.078738.659540.0123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|132 - 718}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|132 - 718}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|132 - 718}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|132 - 713}
5X-RAY DIFFRACTION5{E|132 - 716}
6X-RAY DIFFRACTION6{F|132 - 712}
7X-RAY DIFFRACTION7{G|132 - 717}
8X-RAY DIFFRACTION8{H|132 - 713}

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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