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万見
- PDB-7bsj: Crystal structure of human ME2 R484W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bsj
タイトルCrystal structure of human ME2 R484W
要素NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / malate dehydrogenase / NAD-dependent malic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TARTRONATE / NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Chen, W.L. / Tai, S.C. / Hung, H.C. / Ho, M.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Single nucleotide variants lead to dysregulation of the human mitochondrial NAD(P) + -dependent malic enzyme.
著者: Hsieh, J.Y. / Yang, H.P. / Tewary, S.K. / Cheng, H.C. / Liu, Y.L. / Tai, S.C. / Chen, W.L. / Hsu, C.H. / Huang, T.J. / Chou, C.J. / Huang, Y.N. / Peng, C.T. / Ho, M.C. / Liu, G.Y. / Hung, H.C.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,24112
ポリマ－127,0702
非ポリマー3,17110
水27015
1
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,48124
ポリマ－254,1404
非ポリマー6,34120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area28000 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area75410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.508, 58.443, 141.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / NAD-ME / Malic enzyme 2


分子量: 63535.000 Da / 分子数: 2 / 変異: R484W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)

-
非ポリマー , 5種, 25分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TTN / TARTRONATE


分子量: 118.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 8.64% PEG 20000, 2.4% MPD, 100mM MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→30 Å / Num. obs: 46913 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.48-2.573.70.6246740.8520.3740.7250.80599.8
2.57-2.673.70.48446720.9130.290.5650.87899.9
2.67-2.793.80.32546370.9530.1930.3780.855100
2.79-2.943.80.21946680.9770.130.2560.82999.9
2.94-3.123.80.14946370.990.0890.1740.837100
3.12-3.363.70.09646780.9940.0570.1120.81299.9
3.36-3.73.70.07746920.9930.0460.091.1999.9
3.7-4.243.70.05347020.9960.0330.0631.38199.9
4.24-5.333.60.03347220.9980.020.0390.8999.7
5.33-303.60.0248310.9990.0120.0240.48899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1efl

1efl


解像度: 2.48→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 11.485 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.113 / ESU R Free: 0.351
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 1988 4.9 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.2408 38702 85.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.75 Å2 / Biso mean: 38.675 Å2 / Biso min: 13.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8736 0 210 15 8961
Biso mean--53.77 28.82 -
残基数----1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0139147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0178536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.68212415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1851.58919808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47151103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07822.126461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.064151565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.251560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021933
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 83 -
Rwork0.277 1604 -
all-1687 -
obs--48.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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