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- PDB-5oc3: Crystal structure of Ser67Cys/Pro121Cys Amadoriase I mutant from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oc3
タイトルCrystal structure of Ser67Cys/Pro121Cys Amadoriase I mutant from Aspergillus Fumigatus
要素Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / thermoresistance / flavin dependant enzyme / glycated aminoacid
機能・相同性
機能・相同性情報


fructosyl-amino acid oxidase activity / saccharopine oxidase activity / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase / Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.153 Å
データ登録者Rigoldi, F. / Donini, S. / Gautieri, A. / Parisini, E.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Cariplo Foundation2013-0766 and 2016-0481 イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Thermal stabilization of the deglycating enzyme Amadoriase I by rational design.
著者: Rigoldi, F. / Donini, S. / Giacomina, F. / Sorana, F. / Redaelli, A. / Bandiera, T. / Parisini, E. / Gautieri, A.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
B: Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,39416
ポリマ－102,7182
非ポリマー2,67614
水16,628923
1
A: Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7899
ポリマ－51,3591
非ポリマー1,4308
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6057
ポリマ－51,3591
非ポリマー1,2466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.157, 83.081, 175.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fructosyl amine:oxygen oxidoreductase


分子量: 51358.844 Da / 分子数: 2 / 変異: S67C/P121C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O42629, UniProt: Q4WIF5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 14% PEG4K 15 % isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1529→47.886 Å / Num. obs: 56549 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.95
反射 シェル解像度: 2.1529→2.27 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique obs: 8145 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wct

4wct


解像度: 2.153→47.886 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1807 2866 5.07 %
Rwork0.1392 --
obs0.1413 56474 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.153→47.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6900 0 178 923 8001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1739923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1292695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061286
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1529-2.190.2251350.14882640X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.22980.19251520.13992625X-RAY DIFFRACTION100
2.2298-2.27270.221380.14732656X-RAY DIFFRACTION100
2.2727-2.31910.18041440.13932621X-RAY DIFFRACTION100
2.3191-2.36960.22781390.14372676X-RAY DIFFRACTION100
2.3696-2.42470.2151460.152648X-RAY DIFFRACTION100
2.4247-2.48530.21071500.14772611X-RAY DIFFRACTION100
2.4853-2.55250.21081390.14232661X-RAY DIFFRACTION100
2.5525-2.62760.18241300.13712683X-RAY DIFFRACTION100
2.6276-2.71240.19721410.14032663X-RAY DIFFRACTION100
2.7124-2.80930.1961470.14642657X-RAY DIFFRACTION100
2.8093-2.92180.19511340.14462673X-RAY DIFFRACTION100
2.9218-3.05480.20631470.14622670X-RAY DIFFRACTION100
3.0548-3.21580.19251440.1382683X-RAY DIFFRACTION100
3.2158-3.41720.17851430.1272661X-RAY DIFFRACTION100
3.4172-3.6810.14291210.12862726X-RAY DIFFRACTION100
3.681-4.05120.15581560.11862689X-RAY DIFFRACTION100
4.0512-4.6370.13611680.11692708X-RAY DIFFRACTION100
4.637-5.84050.16511390.14632768X-RAY DIFFRACTION100
5.8405-47.89760.18131530.17412889X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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