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万見
- PDB-5obv: Mycoplasma genitalium DnaK deletion mutant lacking SBDalpha in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5obv
タイトルMycoplasma genitalium DnaK deletion mutant lacking SBDalpha in complex with ADP and Pi.
要素Chaperone protein DnaK
キーワードCHAPERONE / Complex / co-factor / ATP hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone cofactor-dependent protein refolding / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperone DnaK / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma genitalium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Adell, M. / Calisto, B. / Fita, I. / Martinelli, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MINECOBFU2009-09268 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: The nucleotide-bound/substrate-bound conformation of the Mycoplasma genitalium DnaK chaperone.
著者: Adell, M. / Calisto, B.M. / Fita, I. / Martinelli, L.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3423
ポリマ－57,8201
非ポリマー5222
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.547, 133.547, 64.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 57819.926 Da / 分子数: 1 / 変異: Polypeptide lacks the last 58 residues. / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains a C-terminal hexa-histidine tag.
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (strain ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195) (バクテリア)
遺伝子: dnaK, hsp70, MG305 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47547
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Sodium citrate, PEG MME 5000 and butanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射モノクロメーター: Silicon (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→94.43 Å / Num. obs: 20864 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.49→2.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2917 / Rpim(I) all: 0.12 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OBU

5obu


解像度: 2.49→94.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 30.214 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.304
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 1009 4.8 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2182 19811 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.22 Å2 / Biso mean: 54.721 Å2 / Biso min: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.95 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.95 Å2-0 Å2
3----5.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→94.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 32 21 4036
Biso mean--43.78 48.7 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9965487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8939226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7995518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5325.595168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84715776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5821526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02694
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 62 -
Rwork0.351 1401 -
all-1463 -
obs--96.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.673 Å / Origin y: 120.0828 Å / Origin z: 68.9535 Å
111213212223313233
T0.0991 Å20.0061 Å20.0008 Å2-0.0778 Å2-0.0323 Å2--0.021 Å2
L0.5741 °20.119 °20.397 °2-0.4122 °2-0.4147 °2--1.0602 °2
S0.0557 Å °-0.0404 Å °-0.0312 Å °-0.0122 Å °-0.0291 Å °0.0309 Å °0.0585 Å °-0.1108 Å °-0.0266 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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