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- PDB-5obb: Structure of a modified mouse H chain ferritin with a lanthanide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5obb
タイトルStructure of a modified mouse H chain ferritin with a lanthanide binding motif in complex with Terbium
要素Ferritin heavy chain
キーワードMETAL TRANSPORT / ferritin / lanthanide / terbium
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TERBIUM(III) ION / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Baiocco, P. / Trabuco, M.C.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Union637295 イタリア
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Engineered ferritin for lanthanide binding.
著者: Calisti, L. / Trabuco, M.C. / Boffi, A. / Testi, C. / Montemiglio, L.C. / des Georges, A. / Benni, I. / Ilari, A. / Taciak, B. / Bialasek, M. / Rygiel, T. / Krol, M. / Baiocco, P. / Bonamore, A.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)549,70256
ポリマ－544,61624
非ポリマー5,08632
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.251, 237.563, 237.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141O
151P
161Q
171R
181S
191T
201U
211V
221W
231X
241N

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A4 - 175
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.137678, -0.408065, -0.902512), (0.957568, -0.287764, -0.015967), (-0.253195, -0.866415, 0.430369)-141.259811, -25.983641, -100.381859
3given(-0.131428, 0.954951, -0.266073), (-0.401473, -0.296679, -0.866488), (-0.906392, -0.00706, 0.422379)-21.032789, -152.142517, -85.267761
4given(-0.390235, -0.25666, -0.884218), (-0.251035, -0.894315, 0.370381), (-0.885832, 0.366505, 0.284563)-145.823135, -111.303757, -68.647842
5given(0.954174, 0.063114, -0.29252), (-0.293878, 0.013216, -0.955752), (-0.056455, 0.997919, 0.031158)-15.05574, -131.833786, 4.45958
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10given(0.008505, -0.149077, -0.988789), (0.2997, 0.943749, -0.139708), (0.953996, -0.295152, 0.052705)-121.849052, 5.86717, -16.450729
11given(-0.986921, -0.084972, 0.136992), (-0.090852, -0.408805, -0.908088), (0.133165, -0.908657, 0.395738)-112.352943, -143.888184, -83.033463
12given(0.037249, 0.999196, -0.014823), (-0.920142, 0.040081, 0.389527), (0.389809, -0.00087, 0.920896)5.67896, -90.893448, 17.857679
13given(0.911419, -0.229324, -0.341652), (-0.230101, -0.972391, 0.038852), (-0.341129, 0.043203, -0.939023)-38.30154, -133.734406, -125.615829
14given(-0.254035, -0.909696, 0.328511), (-0.003294, 0.340465, 0.940252), (-0.967189, 0.237774, -0.089487)-110.538933, 11.52176, -102.197723
15given(0.003391, 0.305401, 0.952218), (-0.143403, 0.94253, -0.301783), (-0.989659, -0.135527, 0.046991)14.6369, -28.619431, -119.181679
16given(0.953715, -0.295769, -0.054302), (0.06155, 0.015241, 0.997988), (-0.294347, -0.955138, 0.03274)-23.710409, -2.03757, -130.656799
17given(0.120256, 0.900919, -0.416992), (0.901216, -0.275234, -0.334747), (-0.416351, -0.335544, -0.845022)-18.33469, -45.958599, -148.714874
18given(-0.986912, 0.156746, -0.037898), (0.15769, 0.888831, -0.430248), (-0.033754, -0.430592, -0.901915)-107.15065, -21.860371, -135.593994
19given(0.095542, 0.017839, 0.995266), (-0.989792, -0.104515, 0.09689), (0.105749, -0.994363, 0.007671)4.63702, -120.47274, -111.532753
20given(0.283765, 0.942954, -0.174113), (0.37369, 0.058473, 0.925709), (0.883081, -0.327748, -0.33578)7.53734, 14.74775, -44.626869
21given(0.37744, 0.104032, 0.920172), (0.098879, -0.992516, 0.071652), (0.92074, 0.063941, -0.384902)22.297569, -114.365044, -20.6201
22given(-0.923428, 0.326365, 0.201908), (0.324769, 0.384259, 0.864217), (0.204465, 0.863615, -0.460828)-79.520271, 29.04961, -16.356819
23given(-0.195262, -0.97989, 0.041099), (-0.979633, 0.192867, -0.055876), (0.046826, -0.051173, -0.997591)-127.581772, -109.825241, -112.39315
24given(0.284377, 0.382429, 0.879135), (0.942039, 0.05881, -0.330308), (-0.178022, 0.922111, -0.343539)31.642799, -22.494591, -28.363211

-
要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit


分子量: 22692.334 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: ammonium sulphate, TRIS-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.4 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.376
11K, -L, -H20.349
11-L, -H, K30.274
反射解像度: 2.65→48.48 Å / Num. obs: 191449 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8966 / % possible all: 94.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WNW

3wnw


解像度: 2.65→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.461 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.043
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 9591 5 %RANDOM
Rwork0.1676 ---
obs0.1679 181854 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.96 Å2 / Biso mean: 53.195 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.81 Å20 Å20 Å2
2---14.33 Å20 Å2
3---1.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34067 0 32 11 34110
Biso mean--78.55 33.49 -
残基数----4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01934807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0232512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6281.94846806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.634374930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.78854163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.43324.8361925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.445156404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.115197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.24881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0239786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028355
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2710 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.270.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.360.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.30.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.250.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.310.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.290.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.30.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.310.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.310.5
0JMEDIUM POSITIONAL0.230.5
1KMEDIUM POSITIONAL0.30.5
2LMEDIUM POSITIONAL0.310.5
3MMEDIUM POSITIONAL0.350.5
4NMEDIUM POSITIONAL0.290.5
5OMEDIUM POSITIONAL0.30.5
6PMEDIUM POSITIONAL0.310.5
7QMEDIUM POSITIONAL0.30.5
8RMEDIUM POSITIONAL0.30.5
9SMEDIUM POSITIONAL0.280.5
0TMEDIUM POSITIONAL0.310.5
1UMEDIUM POSITIONAL0.240.5
2VMEDIUM POSITIONAL0.290.5
3WMEDIUM POSITIONAL0.270.5
4XMEDIUM POSITIONAL0.250.5
1AMEDIUM THERMAL3.142
2BMEDIUM THERMAL5.152
3CMEDIUM THERMAL3.762
4DMEDIUM THERMAL3.432
5EMEDIUM THERMAL2.482
6FMEDIUM THERMAL3.582
7GMEDIUM THERMAL2.592
8HMEDIUM THERMAL2.582
9IMEDIUM THERMAL2.32
0JMEDIUM THERMAL5.912
1KMEDIUM THERMAL1.882
2LMEDIUM THERMAL5.062
3MMEDIUM THERMAL5.782
4NMEDIUM THERMAL4.152
5OMEDIUM THERMAL42
6PMEDIUM THERMAL7.512
7QMEDIUM THERMAL5.552
8RMEDIUM THERMAL4.712
9SMEDIUM THERMAL1.812
0TMEDIUM THERMAL2.752
1UMEDIUM THERMAL4.332
2VMEDIUM THERMAL2.582
3WMEDIUM THERMAL1.932
4XMEDIUM THERMAL3.712
LS精密化 シェル解像度: 2.647→2.715 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 611 -
Rwork0.274 12100 -
all-12711 -
obs--89.43 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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