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万見
- PDB-5oay: M. tuberculosis [4Fe-4S] protein WhiB1 is a four-helix bundle tha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oay
タイトルM. tuberculosis [4Fe-4S] protein WhiB1 is a four-helix bundle that forms a NO-sensitive complex with sigmaA and regulates the major virulence factor ESX-1
要素Transcriptional regulator WhiB1
キーワードSIGNALING PROTEIN / nitric oxide / sigmaA / iron-sulfur / tuberculosis / Wbl protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / response to nitric oxide / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Transcriptional regulator WhiB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Williamson, M.P. / Green, J. / Hounslow, A.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K000071/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L008114/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of a Wbl protein and implications for NO sensing by M. tuberculosis.
著者: Kudhair, B.K. / Hounslow, A.M. / Rolfe, M.D. / Crack, J.C. / Hunt, D.M. / Buxton, R.S. / Smith, L.J. / Le Brun, N.E. / Williamson, M.P. / Green, J.
履歴
登録2017年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年1月10日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator WhiB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7352
ポリマ－10,3841
非ポリマー3521
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Assembly is partly paramagnetic
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5240 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 62structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator WhiB1


分子量: 10383.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence provided begins 9 residues before the start of the folded protein
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: whiB1, Rv3219 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WF43
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic1HN(CA)CO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic1HNCA(N)NH
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic1CCH-TOCSY
1101isotropic2HBCB(CGCD)HD

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 25 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: TSP added for internal reference / Label: double labeled sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
250 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 300 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001800
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002600

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.2 / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: structure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 62 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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