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- PDB-5o9u: HsNMT1 in complex with CoA and Myristoylated-GCSVSKKK octapeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9u
タイトルHsNMT1 in complex with CoA and Myristoylated-GCSVSKKK octapeptide
要素
  • Calcineurin B-like protein 4
  • Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / GLYCYLPEPTIDE N-TETRADECANOYLTRANSFERASE 1 N-MYRISTOYLTRANSFERASE 1 / N-MYRISTOYLTRANSFERASE TYPE1 / NMT1 / NMT / ACYLTRANSFERASE / MYR-PEPTIDE / COA / MYR-COA / MYRISTOYL / GNAT
機能・相同性
機能・相同性情報


hypotonic salinity response / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / calcineurin complex / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria ...hypotonic salinity response / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / calcineurin complex / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / intracellular potassium ion homeostasis / protein localization to membrane / detection of calcium ion / eNOS activation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / calcium-mediated signaling / kinase binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / calcium ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B-like / Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain ...Calcineurin B-like / Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / EF hand / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / MYRISTIC ACID / Calcineurin B-like protein 4 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dian, C. / Meinnel, T. / Giglione, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR PalmyProt フランス
Fondation ARCSFI2011120111203841 フランス
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural and genomic decoding of human and plant myristoylomes reveals a definitive recognition pattern.
著者: Castrec, B. / Dian, C. / Ciccone, S. / Ebert, C.L. / Bienvenut, W.V. / Le Caer, J.P. / Steyaert, J.M. / Giglione, C. / Meinnel, T.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
C: Calcineurin B-like protein 4
D: Calcineurin B-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,87711
ポリマ－94,6094
非ポリマー2,2687
水16,430912
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
C: Calcineurin B-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3925
ポリマ－47,3042
非ポリマー1,0883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
D: Calcineurin B-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4856
ポリマ－47,3042
非ポリマー1,1804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.236, 79.779, 178.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1


分子量: 46465.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / プラスミド: pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Calcineurin B-like protein 4 / Protein SALT OVERLY SENSITIVE 3


分子量: 839.036 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-9 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic octapeptide GCSVSKKK modified by NMT1 to (GLM)CSVSKKK. GLM: N-Myristoyl-glycine
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O81223

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非ポリマー , 4種, 919分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / Protein SALT OVERLY SENSITIVE 3 / Myristoylated-GCSVSKKK octapeptide / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
詳細: Synthetic octapeptide GCSVSKKK modified by NMT1 to (GLM)CSVSKKK. GLM: N-Myristoyl-glycine
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21% PEG 6000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日 / 詳細: Compound Refractive Lens
放射モノクロメーター: Diamond (C110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.74 Å / Num. obs: 71441 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 13.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 6884 / CC1/2: 0.955 / Rpim(I) all: 0.171 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C2Z

4c2z


解像度: 1.85→47.037 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 3542 4.96 %
Rwork0.1555 --
obs0.1573 71432 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6486 0 114 912 7512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8869302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7874061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.87530.23751530.18112634X-RAY DIFFRACTION97
1.8753-1.90210.22711350.18322598X-RAY DIFFRACTION96
1.9021-1.93050.23811240.18012661X-RAY DIFFRACTION98
1.9305-1.96070.2351390.17492621X-RAY DIFFRACTION97
1.9607-1.99280.20891360.17312643X-RAY DIFFRACTION98
1.9928-2.02720.20811450.16542643X-RAY DIFFRACTION98
2.0272-2.06410.23231450.16392661X-RAY DIFFRACTION98
2.0641-2.10380.22831380.15812699X-RAY DIFFRACTION99
2.1038-2.14670.20931380.15832706X-RAY DIFFRACTION100
2.1467-2.19340.19571560.15562674X-RAY DIFFRACTION100
2.1934-2.24440.17341510.15052723X-RAY DIFFRACTION100
2.2444-2.30050.20751390.15542685X-RAY DIFFRACTION100
2.3005-2.36270.2131510.15862685X-RAY DIFFRACTION100
2.3627-2.43230.1941560.16162745X-RAY DIFFRACTION100
2.4323-2.51080.21831400.16312706X-RAY DIFFRACTION100
2.5108-2.60050.20741480.1612732X-RAY DIFFRACTION100
2.6005-2.70460.19641430.16782707X-RAY DIFFRACTION100
2.7046-2.82770.20551310.16512764X-RAY DIFFRACTION100
2.8277-2.97670.20751490.16462725X-RAY DIFFRACTION100
2.9767-3.16320.2021390.16112751X-RAY DIFFRACTION100
3.1632-3.40740.18261540.14662759X-RAY DIFFRACTION100
3.4074-3.75010.15011340.13932764X-RAY DIFFRACTION100
3.7501-4.29250.14511410.1292778X-RAY DIFFRACTION99
4.2925-5.40680.16591300.13262839X-RAY DIFFRACTION100
5.4068-47.05240.17051270.17252987X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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