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- PDB-5o9j: Crystal structure of transcription factor IIB Mja mini-intein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9j
タイトルCrystal structure of transcription factor IIB Mja mini-intein
要素Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
キーワードHYDROLASE / Transcription factor IIB / mini-intein / HINT fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription preinitiation complex assembly / intron homing / intein-mediated protein splicing / transcription preinitiation complex / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIIB, archaea / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal ...Transcription initiation factor TFIIB, archaea / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / AMMONIUM ION / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mikula, K.M. / Iwai, H. / Zhou, D. / Wlodawer, A.
資金援助 フィンランド, 米国, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland1131413 フィンランド
Academy of Finland137995 フィンランド
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Persistence of Homing Endonucleases in Transcription Factor IIB Inteins.
著者: Iwai, H. / Mikula, K.M. / Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Li, M. / Wlodawer, A.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
B: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,93833
ポリマ－41,7442
非ポリマー2,19431
水3,495194
1
A: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,60914
ポリマ－20,8721
非ポリマー73713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,32919
ポリマ－20,8721
非ポリマー1,45718
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.360, 50.798, 60.118
Angle α, β, γ (deg.)77.42, 75.83, 76.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIB,Transcription initiation factor IIB / TFIIB


分子量: 20872.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tfb, MJ0782 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58192, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, dioxane, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.7 Å / Num. obs: 30100 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル最高解像度: 2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CW8

2cw8


解像度: 2→28.7 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 33.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 945 3.14 %
Rwork0.2137 --
obs0.2153 30100 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2920 0 142 194 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0134124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7791191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.10550.40591100.34193961X-RAY DIFFRACTION91
2.1055-2.23730.34281330.3024139X-RAY DIFFRACTION95
2.2373-2.410.32671230.25944149X-RAY DIFFRACTION95
2.41-2.65240.29561470.24624173X-RAY DIFFRACTION96
2.6524-3.03580.26251420.21734218X-RAY DIFFRACTION97
3.0358-3.82340.27191290.18934258X-RAY DIFFRACTION98
3.8234-28.71290.21521610.17914228X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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