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- PDB-5o8z: Conformational dynamism for DNA interaction in Salmonella typhimu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8z
タイトルConformational dynamism for DNA interaction in Salmonella typhimurium RcsB response regulator.
要素Transcriptional regulatory protein RcsB
キーワードTRANSCRIPTION / Response regulator Transcriptional factor
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein RcsB / : / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Transcriptional regulatory protein RcsB / : / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Transcriptional regulatory protein RcsB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Casino, P. / Marina, A. / Miguel-Romero, L. / Huesa, J.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-78606-P スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2013-42619-P スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Conformational dynamism for DNA interaction in the Salmonella RcsB response regulator.
著者: Casino, P. / Miguel-Romero, L. / Huesa, J. / Garcia, P. / Garcia-Del Portillo, F. / Marina, A.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein RcsB
B: Transcriptional regulatory protein RcsB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6686
ポリマ－47,4872
非ポリマー1814
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.392, 54.266, 54.986
Angle α, β, γ (deg.)62.60, 81.61, 79.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein RcsB


分子量: 23743.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: rcsB, STM2270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58663
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 29% Jeffamine ED2003 0.1M lithium sulfate Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.69 Å / Num. obs: 21487 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Num. unique obs: 1736 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 1.004 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A04

1a04


解像度: 2.1→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 14.275 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26542 1026 4.8 %RANDOM
Rwork0.21303 ---
obs0.21545 20461 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å2-0.12 Å21.29 Å2
2--0.9 Å2-0.3 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 10 88 3143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9954223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93637244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4275411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04925.673104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58315560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2841510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2983.3271638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2943.3241637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2744.9682042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2744.9722043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0713.3961474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0723.4021469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8635.0432173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.32139.6763328
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.30339.6333321
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 75 -
Rwork0.287 1484 -
obs--96.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5526-0.3462-0.82352.30420.09233.5635-0.04620.04460.0676-0.27330.078-0.16790.07430.007-0.03180.0467-0.0230.02660.0262-0.03840.0926-0.71581.2356-0.3867
26.7746-1.9453-0.93359.00491.36930.273-0.03980.31990.1233-0.30310.02430.2219-0.035-0.04090.01550.13380.0058-0.05330.2254-0.02130.0717-13.98986.6544-8.6616
36.73960.1994-1.61781.6392-1.13042.1752-0.4206-0.13661.11750.35710.2704-0.206-0.3713-0.09730.15020.49370.0117-0.06010.0864-0.09770.3583-5.211523.08049.0889
42.9421-0.99520.30972.8591-0.19523.1075-0.0811-0.2315-0.2998-0.0360.19250.18610.2294-0.2095-0.11140.0259-0.0148-0.00930.04240.03030.1045-16.0728-5.48220.7179
52.8167-0.8837-1.55068.52636.08317.2552-0.0545-0.22380.45160.184-0.0942-0.7263-0.1330.24820.14870.0413-0.0106-0.10960.1643-0.00710.3808-2.23824.724929.2757
61.8996-2.3516-0.21275.44430.84721.89220.21740.15010.3822-0.21220.0267-0.0253-0.3593-0.031-0.24420.23930.05360.09180.10430.03180.2411-19.406624.070326.0564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A131 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3A153 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5B130 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6B153 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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