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- PDB-5o8w: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE YEAST ELONGATION FACTOR COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8w
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE YEAST ELONGATION FACTOR COMPLEX EEF1A:EEF1BA
要素
  • Elongation factor 1-alpha
  • Elongation factor 1-beta
キーワードTRANSLATION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / COVALENT MODIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / HSF1 activation / melatonin binding / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / Protein methylation / fungal-type vacuole membrane / actin filament bundle assembly ...Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / HSF1 activation / melatonin binding / regulation of translational termination / tRNA export from nucleus / Protein methylation / fungal-type vacuole membrane / actin filament bundle assembly / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / negative regulation of protein phosphorylation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein kinase activity / maintenance of translational fidelity / GDP binding / actin filament binding / ribosome binding / cytoskeleton / ribosome / translation / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site / Elongation factor 1 beta central acidic region, eukaryote / : / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 1. / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 2. / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain ...Translation elongation factor EF1B, beta/delta chains, conserved site / Elongation factor 1 beta central acidic region, eukaryote / : / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 1. / Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signature 2. / Eukaryotic elongation factor 1 beta central acidic region / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Elongation factor 1-alpha / Elongation factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Wirth, C. / Andersen, G.R. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号
German Research FoundationCRC746 ドイツ
German Federal and State GovernmentsEXC 294 BIOSS ドイツ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2017
タイトル: Protein glutaminylation is a yeast-specific posttranslational modification of elongation factor 1A.
著者: Jank, T. / Belyi, Y. / Wirth, C. / Rospert, S. / Hu, Z. / Dengjel, J. / Tzivelekidis, T. / Andersen, G.R. / Hunte, C. / Schlosser, A. / Aktories, K.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info ...diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 1-alpha
B: Elongation factor 1-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0576
ポリマ-61,4602
非ポリマー5974
13,061725
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.850, 91.810, 92.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor 1-alpha / EF-1-alpha / Eukaryotic elongation factor 1A / eEF1A / Translation elongation factor 1A


分子量: 50846.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02994
#2: タンパク質 Elongation factor 1-beta / EF-1-beta / Eukaryotic elongation factor 1Balpha / eEF1Balpha / Translation elongation factor 1B alpha


分子量: 10613.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EEF1BA, CATALYTICAL C-TERMINAL DOMAIN
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EFB1, TEF5, YAL003W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32471
#3: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / : C5H10N2O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: mmE 2000, Tris, Hepes, KCl, DTT, NaAzid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→20 Å / Num. obs: 63533 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.67→19.724 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 3217 5.06 %
Rwork0.1558 --
obs0.1573 63528 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→19.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 80 725 4927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.975930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6682687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.69490.26441130.20512206X-RAY DIFFRACTION85
1.6949-1.72140.231250.17172627X-RAY DIFFRACTION100
1.7214-1.74960.23021390.16712580X-RAY DIFFRACTION100
1.7496-1.77980.22881100.16052652X-RAY DIFFRACTION100
1.7798-1.81210.18381370.16262599X-RAY DIFFRACTION100
1.8121-1.84690.21571290.17342623X-RAY DIFFRACTION100
1.8469-1.88460.22411300.16592639X-RAY DIFFRACTION100
1.8846-1.92560.22161330.16192615X-RAY DIFFRACTION100
1.9256-1.97030.20241380.15972594X-RAY DIFFRACTION100
1.9703-2.01950.20531450.15842629X-RAY DIFFRACTION100
2.0195-2.07410.17821420.15422628X-RAY DIFFRACTION100
2.0741-2.1350.19181520.15792624X-RAY DIFFRACTION100
2.135-2.20390.18041610.15142605X-RAY DIFFRACTION100
2.2039-2.28250.17741410.15522625X-RAY DIFFRACTION100
2.2825-2.37380.18031520.15532600X-RAY DIFFRACTION100
2.3738-2.48160.20151260.16622655X-RAY DIFFRACTION100
2.4816-2.61220.18381490.1592629X-RAY DIFFRACTION100
2.6122-2.77540.19711250.16322677X-RAY DIFFRACTION100
2.7754-2.9890.17741590.16822632X-RAY DIFFRACTION100
2.989-3.28860.19151760.15462640X-RAY DIFFRACTION100
3.2886-3.76160.1731520.14782682X-RAY DIFFRACTION100
3.7616-4.72840.16391420.13262718X-RAY DIFFRACTION100
4.7284-19.7250.14161410.15052832X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82460.0413-0.4330.6784-0.01080.8589-0.030.0334-0.136-0.0373-0.0057-0.0880.07140.08140.02110.07990.0076-0.00250.08040.01440.099838.880730.649531.7926
21.1947-1.0644-0.08613.0985-1.41351.46330.11540.0728-0.1254-0.3218-0.02130.2250.1041-0.1575-0.09060.07720.0064-0.00790.1084-0.00280.108222.669135.445632.2816
32.236-0.67521.58411.5181-0.63883.148-0.0682-0.06620.13810.05390.0421-0.017-0.25740.05680.02740.08030.00410.03440.1059-0.00860.07724.268240.548644.6255
41.2567-0.3153-0.04481.57580.01351.2847-0.0153-0.17740.02350.06040.0336-0.0541-0.02110.0488-0.0180.06580.00220.00020.09860.00580.059326.274732.09851.4755
50.0293-0.25470.37240.2488-0.50030.63450.06680.0139-0.1682-0.0925-0.00330.10710.2338-0.1649-0.08510.1172-0.0237-0.00580.1530.00110.153620.030720.809838.7059
61.08440.0836-0.84761.25720.55041.6766-0.26930.3532-0.3699-0.06960.0359-0.03540.3739-0.23590.15090.2083-0.07850.03780.2094-0.0950.24589.530124.911.845
71.424-0.1745-0.620.94470.2962.22260.05870.10430.0403-0.046-0.0178-0.0666-0.0609-0.1587-0.04250.06320.0049-0.00240.0980.01150.10252.90843.414128.0825
88.69065.44192.34147.72525.65884.71270.2682-1.54731.34941.6025-0.4774-0.7983-0.73950.85020.00520.5733-0.0737-0.21430.3882-0.0890.435938.489952.511332.2208
93.42082.03075.2992.3334.39769.83290.1253-0.0506-0.05460.0236-0.08180.03440.1386-0.1682-0.03010.0854-0.01210.0110.09780.0070.093428.497538.341518.0266
104.23574.51590.13016.3499-2.48044.4958-0.17740.9902-0.6532-0.5497-0.06720.0990.4406-0.72970.21370.1727-0.0079-0.00770.2768-0.09060.165823.729432.4698-0.6985
112.66791.06661.9130.90922.16577.17560.05490.10110.0493-0.0573-0.03930.0025-0.30260.1747-0.0220.10230.00250.01740.09540.0310.103133.092343.55549.6492
126.4145.45865.2384.66514.63996.19530.11050.0608-0.38050.3255-0.18350.04710.4098-0.14020.02220.14830.01660.00670.1041-0.04450.202428.488627.21328.1083
132.96461.49081.40734.92294.15125.9890.07780.1056-0.03810.17610.0823-0.18830.11310.0339-0.13960.0678-0.00370.01530.0630.04680.05929.821440.562217.0944
143.35040.00880.98165.55932.47625.8038-0.0330.0730.0491-0.0622-0.13120.2695-0.2488-0.29820.14260.07220.0352-0.00070.1030.01440.106622.482644.048.3647
155.5727-0.05166.66670.21270.38849.6158-0.2348-0.1655-0.0212-0.03150.10780.0068-0.4368-0.33410.14110.10470.0062-0.00210.10110.0190.095126.227137.914421.9179
162.2462-0.0333-0.45926.47710.00330.09520.1774-0.2431-0.31620.33060.0384-0.2830.0052-0.6938-0.2210.52070.0218-0.11880.6331-0.1190.5286-7.833732.3051-1.9294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 244 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 344 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 345 through 442 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1114 through 1119 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1120 through 1128 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1129 through 1135 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1136 through 1155 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1156 through 1164 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1165 through 1180 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1181 through 1196 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1197 through 1206 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 447 through 454)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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