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- PDB-5o8k: Crystal structure of mammalian Rev7 in complex with Rev3 1875-1895 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8k
タイトルCrystal structure of mammalian Rev7 in complex with Rev3 1875-1895
要素
  • DNA polymerase zeta catalytic subunit
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
キーワードREPLICATION (DNA複製) / Rev7 / Mad2L2 / DNA Polymerase zeta (DNAポリメラーゼ) / DNA replication (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / zeta DNA polymerase complex / 後期促進複合体 / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly ...Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / telomere maintenance in response to DNA damage / zeta DNA polymerase complex / 後期促進複合体 / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / JUN kinase binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / error-prone translesion synthesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / actin filament organization / regulation of cell growth / double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / DNA-templated DNA replication / spindle / double-strand break repair / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / site of double-strand break / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / nucleotide binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily ...Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase zeta catalytic subunit / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Emamzadah, S. / Tropia, L. / Huber, F. / Halazonetis, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation160322 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mammalian Rev7 in complex with Rev3 1875-1895
著者: Emamzadah, S. / Tropia, L. / Huber, F. / Halazonetis, T.
履歴
登録2017年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
B: DNA polymerase zeta catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6152
ポリマ－27,6152
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.014, 69.014, 42.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2


分子量: 24473.545 Da / 分子数: 1 / 変異: F11S, G12A, V132K, C133V, A135K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mad2l2, Mad2b, Rev7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q9D752
#2: タンパク質・ペプチド DNA polymerase zeta catalytic subunit / Protein reversionless 3-like / hREV3


分子量: 3141.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REV3L, POLZ, REV3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60673, DNAポリメラーゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.8M sodium formate, 0.1M tris-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→70 Å / Num. obs: 20408 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 3080 / Rpim(I) all: 0.166 / Rrim(I) all: 0.362 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: 3ABD

3abd


解像度: 1.8→70 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 --
Rwork0.2552 --
obs-20408 96.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 0 37 1853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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