[日本語] English
万見
- PDB-5o85: p34-p44 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o85
タイトルp34-p44 complex
要素
  • General transcription factor IIH subunit 2
  • General transcription factor IIH subunit 3
キーワードTRANSCRIPTION / DNA repair / TFIIH / TFIIH interaction network / p34-p44 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex ...core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / response to UV / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase II / nuclear speck / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / C1-like domain superfamily ...TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / C1-like domain superfamily / Herpes Virus-1 / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Radu, L. / Poterszman, A.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BSV8-0015-01 フランス
INCAINCA_9378 フランス
Association pour la Recherche sur le CancerSL120120304592 フランス
La ligue contre le cancerCCIR-GE 2013 and Post-doctoral fellowship to L.R. フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The intricate network between the p34 and p44 subunits is central to the activity of the transcription/DNA repair factor TFIIH.
著者: Radu, L. / Schoenwetter, E. / Braun, C. / Marcoux, J. / Koelmel, W. / Schmitt, D.R. / Kuper, J. / Cianferani, S. / Egly, J.M. / Poterszman, A. / Kisker, C.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: General transcription factor IIH subunit 3
B: General transcription factor IIH subunit 2
C: General transcription factor IIH subunit 3
D: General transcription factor IIH subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,0268
ポリマ－157,7644
非ポリマー2624
水00
1
A: General transcription factor IIH subunit 3
B: General transcription factor IIH subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0134
ポリマ－78,8822
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: General transcription factor IIH subunit 3
D: General transcription factor IIH subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0134
ポリマ－78,8822
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.407, 120.388, 128.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 3 / Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 34 kDa subunit / BTF2 p34 / General transcription factor IIH polypeptide 3 / TFIIH basal transcription factor complex p34 subunit


分子量: 34416.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13889
#2: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 2 / Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 44 kDa subunit / BTF2 p44 / General transcription factor IIH polypeptide 2 / TFIIH basal transcription factor complex p44 subunit


分子量: 44465.934 Da / 分子数: 2 / Mutation: C381S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13888
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 mM Tris-HCl or Hepes (pH 7.0 to 8.5) and 20-40% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28236 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28236 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→46.55 Å / Num. obs: 141682 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.19→3.39 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 3.092 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 19316 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 1.272 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4pn7

4pn7


解像度: 3.4→40.7 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 38.54
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 445 4.94 %Random selection
Rwork0.24 ---
obs0.233 9015 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3845 0 4 0 3849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6265283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4072364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4002-3.8920.39361510.33452807X-RAY DIFFRACTION100
3.892-4.90250.28781470.22852816X-RAY DIFFRACTION100
4.9025-43.95880.26391470.20832947X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る