PDB-5o84: Glutathione S-transferase Tau 23 (partially oxidized)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o84

タイトル

Glutathione S-transferase Tau 23 (partially oxidized)

要素

Glutathione S-transferase U23

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione S-transferase / Tau

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin catabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Young, D.R. / Van Molle, I. / Tossounian, M. / Messens, J.

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Disulfide bond formation protects Arabidopsis thaliana glutathione transferase tau 23 from oxidative damage.
著者: Tossounian, M.A. / Van Molle, I. / Wahni, K. / Jacques, S. / Gevaert, K. / Van Breusegem, F. / Vertommen, D. / Young, D. / Rosado, L.A. / Messens, J.

履歴

登録	2017年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/5o84	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ep6C 6ep7C 2vo4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ep6-d 5g5a-1 4chs-d 6ep7-d 5g5f-1 5g5a-2 2ioc-d 5ecs-2 4zo1-d 7a77-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase U23

ヘテロ分子

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase U23

ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase U23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Stable in solution, represents active state of enzyme
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.165, 50.740, 57.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.470, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase U23 / AtGSTU23 / GST class-tau member 23 分子量: 25336.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GSTU23, At1g78320, F3F9.14 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9M9F1, glutathione transferase

#1: タンパク質

Glutathione S-transferase U23 / AtGSTU23 / GST class-tau member 23

分子量: 25336.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GSTU23, At1g78320, F3F9.14 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9M9F1, glutathione transferase

-
非ポリマー , 6種, 126分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 4000, 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→42.64 Å / Num. obs: 19633 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 65778 / Scaling rejects: 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	2	0.668	1275	643	0.609	0.603	0.905	1.2	52.2
9.01-42.64	3	0.025	505	170	0.999	0.017	0.03	52	91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vo4

2vo4

解像度: 1.88→30.26 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2164	870	4.8 %	Random
R_work	0.1809	17246	-	-
obs	0.1827	18116	97.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.35 Å² / B_iso mean: 31.3972 Å² / B_iso min: 7.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→30.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1756	0	62	118	1936
B_iso mean	-	-	56.49	36.98	-
残基数	-	-	-	-	216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1872
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	2539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.94	699

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8801-1.9979	0.2738	130	0.2599	2609	2739	90
1.9979-2.1521	0.2245	146	0.1968	2921	3067	100
2.1521-2.3686	0.2269	127	0.1898	2957	3084	100
2.3686-2.7111	0.2258	148	0.19	2912	3060	100
2.7111-3.415	0.2097	172	0.1844	2892	3064	100
3.415-30.264	0.2048	147	0.1585	2955	3102	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0901	0.1894	5.7204	5.3103	-1.9768	7.2341	0.1517	0.3247	1.3434	0.6839	-0.2111	-0.6508	-1.939	1.1578	0.1484	0.5643	-0.1851	0.1936	0.5301	0.0275	0.5346	6.5932	30.9395	12.9794
2	3.2188	0.4953	-0.1509	2.7422	1.001	4.0114	-0.0779	0.1924	-0.1359	-0.0657	0.0757	-0.0801	0.1693	0.3718	0.0008	0.1953	0.0085	0.0033	0.2335	0.0187	0.1905	-3.944	18.8379	10.5437
3	7.2599	3.7018	-3.0812	6.5464	0.9494	5.4142	0.0731	0.6019	0.068	-0.4553	0.014	-0.5668	-0.3834	0.4314	-0.0762	0.3971	-0.0484	0.022	0.2789	0.0876	0.2949	-4.3656	32.9701	8.5531
4	8.0177	-0.2338	1.3912	7.407	0.2123	7.913	-0.169	-0.2614	-0.8918	0.1438	0.3892	-0.441	0.6427	1.1012	-0.2128	0.327	0.0129	0.1113	0.5312	0.0193	0.4001	5.9189	16.8145	9.562
5	1.5831	-2.2514	-1.7731	4.7192	1.0456	6.5552	0.5795	-0.192	-0.6381	0.3194	-0.042	-0.0012	0.1844	-0.1988	-0.4348	0.4012	0.0507	-0.0034	0.9624	-0.0413	0.6468	10.2852	14.9307	18.1574
6	3.1312	-0.012	0.708	5.8395	0.8421	5.278	-0.57	-1.1209	-0.0885	0.1361	0.5322	-0.5318	0.666	0.2509	-0.1828	0.6522	0.1707	-0.0035	0.7094	0.0244	0.4972	4.8097	15.1789	23.9013
7	5.0629	0.5404	0.1137	2.1432	2.2897	4.719	0.2628	-0.1507	0.0452	0.1203	-0.283	-0.7723	-0.03	0.526	0.0054	0.1584	-0.0284	0.0004	0.346	0.0235	0.2434	2.6031	21.8509	17.3521
8	5.1505	3.8974	-0.5982	3.1326	-0.4771	2.7996	0.0166	-0.7326	-0.3512	-0.0571	-0.1165	-0.7537	-0.0312	0.8196	0.2007	0.2106	-0.0217	0.0018	0.3711	-0.0249	0.3643	2.5684	24.548	21.4259
9	5.181	-1.0448	0.8147	6.4272	-0.5044	3.2714	0.1084	0.0149	0.5463	-0.1352	-0.0956	-0.0089	-0.5993	0.2212	0.0473	0.2829	-0.0407	0.0169	0.1812	0.0112	0.2482	-5.9863	31.7146	18.6966
10	1.7472	-0.1449	1.4118	4.2827	-1.2459	1.4391	0.0553	-0.041	0.5189	0.2437	0.1468	0.2426	-0.5257	-0.4835	-0.287	0.2645	0.0941	-0.0291	0.1572	0.017	0.236	-17.9759	33.0019	20.6304
11	2.6527	0.9017	0.5692	3.0691	3.2098	5.42	0.0575	0.0098	0.0254	0.1253	-0.1924	0.1664	0.0161	-0.3255	0.0964	0.1606	0.0096	-0.0198	0.1479	0.0173	0.1565	-17.4283	21.4111	22.9063
12	6.2929	0.1796	-1.6486	6.4852	2.6064	7.3918	0.1291	-0.4239	-1.4857	0.3416	-0.0382	-0.7494	1.4227	0.7272	0.0907	0.4906	0.118	-0.0382	0.297	0.032	0.4758	-12.5155	8.1867	19.3828
13	8.2541	1.4756	-3.6364	6.2264	-2.6058	7.6408	-0.3593	-0.029	-1.0308	0.8526	0.182	-0.2358	0.5354	-0.2346	0.1241	0.6768	0.05	0.0049	0.4024	0.0454	0.4822	-12.0291	-1.0542	13.2209
14	6.7028	-3.1444	1.7815	8.2261	4.0349	3.9875	-0.6853	-0.4935	-0.8284	0.8718	0.4945	0.6928	1.2506	-0.7472	0.3237	0.394	-0.0334	0.0299	0.2868	0.0207	0.2685	-21.047	5.4818	15.0164
15	4.432	-1.4457	0.3313	5.6571	0.8636	3.832	-0.0862	0.071	0.0203	0.1026	0.1988	0.6976	0.0013	-0.7256	-0.022	0.1518	-0.0067	-0.0079	0.2598	0.0173	0.2299	-26.6084	17.6389	13.7638
16	1.0188	0.7288	0.5187	1.2673	-0.2197	1.2112	0.054	0.2784	0.1338	-0.2692	-0.1133	0.0733	-0.0684	-0.2241	-0.0754	0.1606	0.0317	-0.0285	0.1635	0.043	0.1458	-18.4788	24.5963	11.424
17	5.3163	1.5227	0.3849	2.8918	1.053	1.7676	0.0187	0.5139	-0.2332	-0.1368	0.045	0.0251	0.402	-0.0046	-0.0572	0.3306	0.0071	-0.043	0.2917	-0.059	0.222	-17.0461	7.5622	3.9212
18	5.7433	4.8625	-1.096	7.5828	-1.7586	3.2044	0.0438	0.3346	-0.0087	-0.4603	-0.0714	0.2109	-0.0304	-0.2579	-0.0172	0.2457	0.0542	-0.0576	0.2579	0.0043	0.2098	-21.7105	20.1746	4.0116
19	2.3042	-1.2229	-0.3915	7.9845	2.8717	2.8895	-0.0565	0.2982	-0.2884	-0.6657	0.3583	-0.1997	0.1694	0.1054	-0.2896	0.2603	0.0086	0.0075	0.3289	-0.0191	0.229	-7.0463	12.6465	1.2902
20	7.2802	-1.2431	-5.1459	0.5612	1.7029	5.6	-1.4225	-1.5305	-2.9082	0.2023	0.1203	0.1299	1.8456	0.6804	1.1681	0.6648	0.0503	0.1064	0.5035	0.1316	0.6635	-3.9911	-4.4774	5.7609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:6)	A	2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:23)	A	7 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 24:29)	A	24 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 30:39)	A	30 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 40:46)	A	40 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 47:52)	A	47 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 53:59)	A	53 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 60:67)	A	60 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 68:81)	A	68 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 82:91)	A	82 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 92:104)	A	92 - 104
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 105:109)	A	105 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 111:123)	A	111 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 124:130)	A	124 - 130
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 131:142)	A	131 - 142
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 143:160)	A	143 - 160
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 161:177)	A	161 - 177
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 178:192)	A	178 - 192
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 193:212)	A	193 - 212
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 213:218)	A	213 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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