PDB-5o5y: Crystal structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent glucoki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o5y

タイトル

Crystal structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent glucokinase (GK)

要素

ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

キーワード

TRANSFERASE / ADP-DEPENDENT / GLUCOKINASE / RIBOKINASE SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus litoralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.915 Å

データ登録者

Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Guixe, V. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2018
タイトル: Protein topology determines substrate-binding mechanism in homologous enzymes.
著者: Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Merino, F. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Guixe, V.

履歴

登録	2017年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o5y.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o5y.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o5y_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o5y_full_validation.pdf.gz	480 KB	表示
XML形式データ	5o5y_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	5o5y_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o5xSC 5o5zC 4b8r 4b8s S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rgo-3 5kkg-1 6a37-d 2ylw-d 5v1q-2 5o5z-1 1u2x-2 6y48-2 5k27-1 4rg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.640, 97.610, 113.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase,ADP-dependent glucokinase / ADPGK

分子量: 52691.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermococcus litoralis (strain ATCC 51850 / DSM 5473 / JCM 8560 / NS-C) (古細菌)
遺伝子: glkA, OCC_09701 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7M537, ADP-specific glucose/glucosamine kinase

#2: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃

#3: 化合物

ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄

#4: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350, 30 mM glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日詳細: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled channel-cut Si[111] monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.915→49.122 Å / Num. obs: 82817 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.49 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.0827 / Net I/σ(I): 15.81
反射シェル	解像度: 1.915→1.983 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 7810 / CC_1/2: 0.905 / R_rim(I) all: 0.792 / % possible all: 95

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5	位相決定
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O5X

5o5x

解像度: 1.915→49.122 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	4139	5 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1727	82790	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.915→49.122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7226	0	82	705	8013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	10111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.314	4516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.915-1.9367	0.3221	116	0.2721	2205	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9367-1.9595	0.313	136	0.2402	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9595-1.9834	0.2713	138	0.23	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9834-2.0085	0.2707	135	0.2088	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0085-2.0349	0.2464	138	0.2113	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.0628	0.2992	137	0.2075	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0628-2.0923	0.2603	138	0.1936	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0923-2.1235	0.2672	138	0.1934	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1235-2.1567	0.2291	136	0.1874	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1567-2.1921	0.2341	138	0.1894	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2299	0.2495	138	0.1909	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2299-2.2704	0.2662	137	0.1866	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2704-2.3141	0.2472	138	0.1847	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3141-2.3613	0.2347	138	0.1881	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3613-2.4127	0.2502	138	0.1885	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4127-2.4688	0.2476	137	0.1808	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4688-2.5305	0.2328	138	0.1854	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5305-2.5989	0.2112	138	0.1778	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5989-2.6754	0.2132	138	0.1775	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6754-2.7618	0.2397	139	0.176	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-2.8605	0.2246	139	0.1772	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8605-2.975	0.2186	138	0.1818	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.1103	0.2178	139	0.1802	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1103-3.2743	0.2218	140	0.1771	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2743-3.4794	0.2352	139	0.1666	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4794-3.7479	0.1782	140	0.1547	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7479-4.1249	0.1642	141	0.1455	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1249-4.7214	0.1633	141	0.1312	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7214-5.9469	0.1555	144	0.1557	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9469-49.1383	0.1776	149	0.1611	2830	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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