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万見
- PDB-5o5w: Molybdenum storage protein room-temperature structure determined ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o5w
タイトルMolybdenum storage protein room-temperature structure determined by serial millisecond crystallography
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE / room-temperature / serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8M0 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M10 / MOLYBDENUM ATOM / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Steffen, B. / Weinert, T. / Ermler, U. / Standfuss, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Serial millisecond crystallography for routine room-temperature structure determination at synchrotrons.
著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / ...著者: Weinert, T. / Olieric, N. / Cheng, R. / Brunle, S. / James, D. / Ozerov, D. / Gashi, D. / Vera, L. / Marsh, M. / Jaeger, K. / Dworkowski, F. / Panepucci, E. / Basu, S. / Skopintsev, P. / Dore, A.S. / Geng, T. / Cooke, R.M. / Liang, M. / Prota, A.E. / Panneels, V. / Nogly, P. / Ermler, U. / Schertler, G. / Hennig, M. / Steinmetz, M.O. / Wang, M. / Standfuss, J.
履歴
登録2017年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,32529
ポリマ－57,7562
非ポリマー5,56927
水3,207178
1
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,97487
ポリマ－173,2676
非ポリマー16,70781
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area37220 Å2
ΔGint-542 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.350, 117.350, 233.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

MO

21B-311-

MO

31B-456-

HOH

-
要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29376.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28378.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253

-
非ポリマー , 6種, 205分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#6: 化合物 ChemComp-M10 / (mu3-oxo)-tris(mu2-oxo)-nonakisoxo-trimolybdenum (VI) / Trimolybdate [Mo(VI)3O13]8-


分子量: 495.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo3O13
#7: 化合物...
ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0,1 M Na-Citrat pH 5,6 1,4 M NH4H2PO4 20 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24.2 Å / Num. obs: 110141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 765.4 % / Biso Wilson estimate: 29.42 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFEL0.6.2データ削減
CrystFEL0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F6T

4f6t


解像度: 1.7→24.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 5090 4.95 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-102901 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7397 Å20 Å20 Å2
2---4.7397 Å20 Å2
3---9.4794 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→24.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 130 178 4100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014012HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.155498HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1324SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4012HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion523SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4679SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 330 5.03 %
Rwork0.289 6235 -
all0.289 6565 -
obs--86.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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