PDB-5o5k: X-ray structure of a bacterial adenylyl cyclase soluble domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o5k

タイトル

X-ray structure of a bacterial adenylyl cyclase soluble domain

要素

Adenylate cyclase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / membrane-integral adenylyl cyclase / helical domain / catalytic domain / MANT-GTP

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium intracellulare 1956 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Vercellino, I. / Korkhov, V.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Role of the nucleotidyl cyclase helical domain in catalytically active dimer formation.
著者: Vercellino, I. / Rezabkova, L. / Olieric, V. / Polyhach, Y. / Weinert, T. / Kammerer, R.A. / Jeschke, G. / Korkhov, V.M.

履歴

登録	2017年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o5k.cif.gz	974.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o5k.ent.gz	822.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/5o5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o5lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3na1-2 6mxd-1 1e72-d 2p6g-5 2zb6-d 2v3n-d 6mxd-2 6mxc-2 4lep-2 5wm5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (8) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (7) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (8) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate cyclase

B: Adenylate cyclase

D: Adenylate cyclase

C: Adenylate cyclase

E: Adenylate cyclase

F: Adenylate cyclase

I: Adenylate cyclase

J: Adenylate cyclase

H: Adenylate cyclase

G: Adenylate cyclase

K: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

320 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate cyclase

B: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, EPR Spectroscopy confirms dimerization of soluble domain in the presence of substrate analogue, equilibrium centrifugation, AUC Confirms ligand-dependent dimerization of the protein
58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Adenylate cyclase

C: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Adenylate cyclase

F: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
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4

H: Adenylate cyclase

G: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Adenylate cyclase

J: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

K: Adenylate cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.420, 85.690, 318.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adenylate cyclase 分子量: 28225.025 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium intracellulare 1956 (バクテリア) 遺伝子: cya, I550_3099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X8CHM4, adenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-ONM / 3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP 分子量: 656.328 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃N₆O₁₅P₃
#3: 化合物	... ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 0.2 M LiSO4, 8-10% PEG 1000, 8-10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→46.85 Å / Num. obs: 62261 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 4.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.4→47.303 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	2001	3.85 %
R_work	0.245	-	-
obs	0.2459	51912	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.303 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18370	0	549	0	18919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	19258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.569	26104
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.722	7029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	2838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4001-3.4851	0.3566	138	0.3219	3534	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4851-3.5793	0.3457	144	0.3155	3544	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5793-3.6845	0.3056	145	0.3175	3596	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6845-3.8034	0.3239	142	0.2939	3495	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8034-3.9393	0.2863	139	0.2834	3549	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9393-4.0969	0.3063	144	0.282	3531	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0969-4.2833	0.3092	141	0.2754	3559	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2833-4.5089	0.2518	138	0.2436	3542	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5089-4.7912	0.2626	145	0.2341	3547	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7912-5.1607	0.2657	144	0.2216	3581	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1607-5.6793	0.2781	147	0.2389	3604	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6793-6.4993	0.2857	138	0.2595	3591	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4993-8.1815	0.2267	146	0.2313	3551	X-RAY DIFFRACTION	97
8.1815-47.308	0.2094	150	0.1903	3687	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1061	-0.0707	0.1059	0.1123	-0.0682	0.2917	0.0087	-0.156	0.1204	-0.0449	0.03	-0.1923	0.0887	-0.1113	0.0154	0.5401	-0.0297	-0.0198	0.3235	-0.0849	0.5719	-20.9217	-56.3224	773.7574
2	0.289	0.1336	0.2074	0.1904	-0.0909	0.4781	0.2169	-0.0004	0.1818	-0.2926	-0.1131	-0.0069	-0.1854	-0.2309	0.0543	0.5427	0.0575	0.1527	0.27	0.0127	0.6904	-23.1102	-44.595	755.795
3	0.2468	-0.024	-0.1567	0.1517	-0.033	0.1655	0.0994	0.0613	-0.101	0.0572	-0.043	0.198	0.0032	-0.2507	-0.0005	0.4284	0.0813	-0.052	0.3169	0.0103	0.562	-25.4952	-87.1302	738.6582
4	0.1375	0.104	-0.0148	0.1455	-0.037	0.2123	0.1923	0.3672	0.0355	-0.3259	-0.1421	-0.0373	-0.0827	0.188	-0.0659	0.6951	0.1665	0.0687	0.5927	-0.0012	0.4608	-11.2554	-78.3402	724.9725
5	0.0916	0.0605	-0.0522	0.2078	-0.0628	0.0214	0.4318	0.2731	-0.1907	-0.2454	-0.3098	0.2453	-0.0937	-0.0986	0.0292	0.724	0.4784	-0.0326	1.0703	-0.0647	0.663	-51.3857	-66.6576	704.5093
6	0.2239	0.2288	-0.1992	0.3845	-0.1617	0.2049	0.563	0.6493	-0.1705	-0.2278	-0.3916	0.2133	-0.2667	0.0521	0.1681	1.0653	0.6729	-0.2371	1.3924	-0.1967	0.7533	-41.892	-78.7809	689.4001
7	0.1541	-0.1313	-0.1493	0.1336	0.1309	0.1748	0.3357	0.16	0.5306	-0.014	0.1541	-0.0933	-0.1603	0.2117	0.3467	1.1056	1.1428	0.6263	1.1099	0.5231	1.2221	-22.2882	-37.0834	680.5422
8	0.0997	-0.0694	0.0914	0.0325	-0.0822	0.1332	-0.0957	0.0849	0.3212	0.0159	0.1901	0.1825	-0.0571	-0.1401	-0.1998	0.73	1.3548	0.593	2.222	0.9326	1.2633	-29.9686	-41.9627	661.0142
9	0.116	0.1367	-0.1508	0.6601	-0.539	0.4455	0.3075	0.3753	-0.4343	0.7191	0.9415	-0.1124	0.2109	-0.2108	1.088	0.8327	1.2666	-0.4911	1.9651	-0.3743	1.0174	8.8744	-66.1271	659.7563
10	0.4033	-0.1349	-0.1009	0.384	0.0508	0.0625	-0.0462	-0.0234	0.3021	0.1824	0.9827	-0.3589	0.07	-0.3414	0.2682	0.7416	0.4183	-0.0928	2.184	-0.3402	1.1172	11.4578	-55.1932	642.5005
11	0.1233	0.0351	-0.0895	0.0877	-0.0317	0.042	0.3477	-0.0922	-0.3808	-0.1812	0.0047	0.0913	0.4889	0.0968	-0.0131	1.7718	-0.0516	-0.7545	2.2778	0.0222	1.386	-15.5626	-87.7856	625.6579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G'
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H'
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I'
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J'
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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