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- PDB-5o2u: Llama VHH in complex with p24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2u
タイトルLlama VHH in complex with p24
要素
  • Capsid protein p24
  • VHH 59H10
キーワードVIRUS / VHH Llama antibody HIV capsid protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Caillat, C. / Verrips, T. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Unravelling the Molecular Basis of High Affinity Nanobodies against HIV p24: In Vitro Functional, Structural, and in Silico Insights.
著者: Gray, E.R. / Brookes, J.C. / Caillat, C. / Turbe, V. / Webb, B.L.J. / Granger, L.A. / Miller, B.S. / McCoy, L.E. / El Khattabi, M. / Verrips, C.T. / Weiss, R.A. / Duffy, D.M. / Weissenhorn, W. / McKendry, R.A.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: VHH 59H10
C: Capsid protein p24
D: VHH 59H10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6844
ポリマ－139,6844
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.993, 72.228, 69.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24


分子量: 55895.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The following reagent was obtained through the NIH AIDS Reagent Program, Division of AIDS, NIAID, NIH: pWISP98-85 from Dr. Wes Sundquist.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: 抗体 VHH 59H10


分子量: 13946.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 % / 解説: needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris base pH 8.0, Polyethylene glycol (PEG) 6000 25% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→36.11 Å / Num. obs: 10360 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 42.55 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.1424 / Rpim(I) all: 0.0983 / Net I/σ(I): 5.55
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1508 / CC1/2: 0.572 / Rpim(I) all: 0.473 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hgp and 4ldo

5hgp

4ldo


解像度: 2.76→36.11 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 512 4.94 %
Rwork0.2223 --
obs0.224 10360 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 0 0 2890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5783996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5971788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-3.03770.35241100.31342473X-RAY DIFFRACTION98
3.0377-3.47690.30371240.26422470X-RAY DIFFRACTION99
3.4769-4.37930.25721360.2042454X-RAY DIFFRACTION98
4.3793-36.11710.20661420.18172451X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.1962 Å / Origin y: 15.334 Å / Origin z: 17.442 Å
111213212223313233
T0.2319 Å20.0659 Å20.0192 Å2-0.2344 Å20.0408 Å2--0.1997 Å2
L1.8688 °21.7215 °20.4323 °2-2.7751 °20.9862 °2--0.6509 °2
S0.0322 Å °-0.0249 Å °-0.0445 Å °0.0156 Å °0.0847 Å °-0.1371 Å °0.0068 Å °0.0755 Å °-0.1133 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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