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- PDB-4qtf: Structure and specificity of L-D-Transpeptidase from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtf
タイトルStructure and specificity of L-D-Transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis and antibiotic resistance: Calcium binding promotes dimer formation
要素L,d-transpeptidase LdtB
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / L-D-transpeptidase / D-D-transpeptidase / imipenem / meropenem / peptidoglycan / beta-lactamase / cross-linkage / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3V5 / Chem-MLD / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gokulan, K. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and specificity of L-D-Transpeptidase from Mycobacterium tuberculosis and antibiotic resistance: Calcium binding promotes dimer formation
著者: Gokulan, K. / Khare, S. / Cerniglia, C.E. / Foley, S.L. / Varughese, K.I.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,d-transpeptidase LdtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5933
ポリマ－37,3811
非ポリマー1,2112
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: L,d-transpeptidase LdtB
ヘテロ分子

A: L,d-transpeptidase LdtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1856
ポリマ－74,7632
非ポリマー2,4234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.272, 65.881, 207.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-626-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L,d-transpeptidase LdtB


分子量: 37381.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: ldtB, Rv2518c, RVBD_2518c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: I6Y9J2
#2: 化合物 ChemComp-MLD / GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA / 2-ACETAMIDO-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE(BETA1-4)-2-ACETAMIDO-1,6-ANHYDRO-3-O-[(R)-1-CARBOXYETHYL]-2-DEOXY-BETA-D-GLUCOPYRANOSE-L-ALANYL-GAMMA-D-GLUTAMYL-MESO-DIAMINOPIMELYL-D-ALANINE


分子量: 921.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H59N7O20
#3: 化合物 ChemComp-3V5 / (3S,5S)-3-({[(aminomethyl)amino]methyl}sulfanyl)-5-[(2S)-1,3-dioxobutan-2-yl]-L-proline / olivanic acid analog, open from


分子量: 289.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M citric acid, 0.07 M BIS-TRIS propane pH 7.6 and 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
PH範囲: 7,6

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR-325 CCD detector / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.3 Å / Num. obs: 25603

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QR7

4qr7


解像度: 2→42.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.918 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25766 1356 5 %RANDOM
Rwork0.21298 ---
obs0.21522 25603 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 65 76 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1621.9553812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95535891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2395349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.38524.153118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21515391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 94 -
Rwork0.245 1863 -
obs--99.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5731 Å / Origin y: 15.7551 Å / Origin z: 19.5679 Å
111213212223313233
T0.058 Å20.0325 Å2-0.043 Å2-0.0284 Å2-0.0429 Å2--0.0923 Å2
L0.0795 °20.0181 °2-0.0253 °2-0.5535 °20.3102 °2--1.4056 °2
S-0.0185 Å °-0.0243 Å °0.0257 Å °0.1523 Å °0.0895 Å °-0.1039 Å °0.0034 Å °0.0836 Å °-0.071 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A59 - 407
2X-RAY DIFFRACTION1A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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