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- PDB-5o2l: Myosin VI motor domain in the Pre-Transition State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2l
タイトルMyosin VI motor domain in the Pre-Transition State
要素Unconventional myosin-VI
キーワードMOTOR PROTEIN / MYOSIN / MOTOR DOMAIN / Pre-Transition State
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secretion / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / vesicle transport along actin filament / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / filamentous actin ...regulation of secretion / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / vesicle transport along actin filament / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / filamentous actin / microvillus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ruffle / filopodium / actin filament / actin filament organization / sensory perception of sound / intracellular protein transport / protein localization / ADP binding / ruffle membrane / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / cell cortex / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / Kinesin ...Myosin VI head, motor domain, U50 subdomain / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Kinesin motor domain / Kinesin / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Unconventional myosin-VI / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Isabet, T. / Benisty, H. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: An intermediate along the recovery stroke of myosin VI revealed by X-ray crystallography and molecular dynamics.
著者: Blanc, F. / Isabet, T. / Benisty, H. / Sweeney, H.L. / Cecchini, M. / Houdusse, A.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,80012
ポリマ－89,5461
非ポリマー1,25411
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.340, 83.830, 177.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VI


分子量: 89545.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MYO6 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F1RQI7, UniProt: Q29122*PLUS

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非ポリマー , 5種, 250分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% polyethylene glycol [PEG] 8000, 50 mM TRIS, pH 7.5, 1 mM TCEP, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 55469 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 49.48 Å2 / Net I/σ(I): 15.57
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v26

2v26


解像度: 2.2→22.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9593 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9343 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 2769 4.99 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1844 55469 99.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0872 Å20 Å20 Å2
2---5.602 Å20 Å2
3---7.6892 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.367 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→22.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6065 0 80 239 6384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016265HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.068457HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2926SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes919HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6265HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion801SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7456SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3194 202 5 %
Rwork0.2605 3835 -
all0.2635 4037 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4788-0.34590.46380.66330.06491.781-0.0407-0.18330.1246-0.15640.039-0.0518-0.3194-0.0250.0017-0.066-0.06150.0453-0.0329-0.0191-0.2999-3.51131.970324.9344
28.31552.9104-0.31448.31542.91043.4091-0.0202-0.0147-0.5442-0.5308-0.24610.5072-0.3337-0.46170.2663-0.296-0.1009-0.04080.192-0.0381-0.173231.471664.057734.946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|704 A|995 - A|1006 S|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|705 - A|789 T|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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