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万見
- PDB-5o2c: Crystal structure of WNK3 kinase and CCT1 didomain in a unphospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2c
タイトルCrystal structure of WNK3 kinase and CCT1 didomain in a unphosphorylated state
要素Serine/threonine-protein kinase WNK3
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / WNK3 / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / osmosensory signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly ...positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / osmosensory signaling pathway / positive regulation of calcium ion transport / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / maintenance of blood-brain barrier / bicellular tight junction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / peptidyl-threonine phosphorylation / protein localization to plasma membrane / adherens junction / positive regulation of protein localization to plasma membrane / molecular condensate scaffold activity / Stimuli-sensing channels / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine/threonine-protein kinase WNK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Bartual, S.G. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Kupinska, K. / Wang, D. / Chalk, R. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of WNK3 kinase and CCT1 didomain in a unphosphorylated state
著者: Pinkas, D.M. / Daubner, G.M. / Bufton, J.C. / Bartual, S.G. / Sanvitale, C.E. / Alessi, D.R. / Bullock, A.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0906
ポリマ－43,6151
非ポリマー4745
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.370, 64.080, 47.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK3 / Protein kinase lysine-deficient 3 / Protein kinase with no lysine 3


分子量: 43615.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 123-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK3, KIAA1566, PRKWNK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYP7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M Citrate pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→32.78 Å / Num. obs: 19384 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 42.11 Å2 / Net I/σ(I): 6.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→24.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9048 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8532 / SU R Cruickshank DPI: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.293 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.244
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 959 4.95 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1885 19365 99.46 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.4424 Å20 Å20.9077 Å2
2---20.8866 Å20 Å2
3---9.4442 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→24.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2948 0 31 117 3096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.164072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1106SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3032HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3477SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 142 5.08 %
Rwork0.2188 2651 -
all0.2208 2793 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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